
<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif; "><div>You're using ABBlast.  MAKER doesn't support it yet.  Maybe now would be a good time to do it though.  It would take about 10 hours to implement and test.  I could probably look into it this weekend.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Carson</div><div><br></div><span id="OLK_SRC_BODY_SECTION"><div style="font-family:Calibri; font-size:11pt; text-align:left; color:black; BORDER-BOTTOM: medium none; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0in; PADDING-LEFT: 0in; PADDING-RIGHT: 0in; BORDER-TOP: #b5c4df 1pt solid; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 3pt"><span style="font-weight:bold">From: </span> "Maria Joana F. B. A. Guimarăes" <<a href="mailto:joana.guimaraes@inrb.pt">joana.guimaraes@inrb.pt</a>><br><span style="font-weight:bold">Date: </span> Tue, 28 Feb 2012 10:25:24 -0000<br><span style="font-weight:bold">To: </span> <<a href="mailto:maker-devel@yandell-lab.org">maker-devel@yandell-lab.org</a>><br><span style="font-weight:bold">Subject: </span> [maker-devel] maker run error<br></div><div><br></div><div><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1"><meta name="Generator" content="MS Exchange Server version 6.5.7651.17"><title>maker run error</title><div><!-- Converted from text/plain format --><p><font size="2">Hi<br><br>

I managed to install MAKER and everything looks OK. I'm trying to run maker with the examples but it keeps giving me this error:<br><br>

bioinf@linux-hdoc:~/Desktop/TEMP> maker<br><br>

STATUS: Parsing control files...<br><br>

STATUS: Processing and indexing input FASTA files...<br><br>

STATUS: Setting up database for any GFF3 input...<br><br>

A data structure will be created for you at:<br><br>

/home/bioinf/Desktop/TEMP/dpp_contig.maker.output/dpp_contig_datastore<br><br><br><br>

To access files for individual sequences use the datastore index:<br><br>

/home/bioinf/Desktop/TEMP/dpp_contig.maker.output/dpp_contig_master_datastore_index.log<br><br><br><br>

STATUS: Now running MAKER...<br><br><br><br><br><br><br><br>

--Next Contig--<br><br><br><br>

#---------------------------------------------------------------------<br><br>

Now starting the contig!!<br><br>

SeqID: contig-dpp-500-500<br><br>

Length: 32156<br><br>

#---------------------------------------------------------------------<br><br><br><br><br><br>

running  repeat masker.<br><br>

#--------- command -------------#<br><br>

Widget::RepeatMasker:<br><br>

cd /tmp/maker_eiYoLm; /home/bioinf/maker/exe/RepeatMasker/RepeatMasker /home/bioinf/Desktop/TEMP/dpp_contig.maker.output/dpp_contig_datastore/05/1F/contig-dpp-500-500//theVoid.contig-dpp-500-500/contig-dpp-500-500.0.all.rb -species all -dir /home/bioinf/Desktop/TEMP/dpp_contig.maker.output/dpp_contig_datastore/05/1F/contig-dpp-500-500//theVoid.contig-dpp-500-500 -pa 1<br><br>

#-------------------------------#<br><br>

processing output:<br><br>

cycle 1<br><br>

cycle 2<br><br>

cycle 3<br><br>

cycle 4<br><br>

cycle 5<br><br>

cycle 6<br><br>

cycle 7<br><br>

cycle 8<br><br>

cycle 9<br><br>

cycle 10<br><br>

Generating output...<br><br>

masking<br><br>

done<br><br>

formating database...<br><br>

#--------- command -------------#<br><br>

Widget::formater:<br><br>

/home/bioinf/maker/bin/../exe/blast/bin/makeblastdb -dbtype prot -in /tmp/maker_eiYoLm/te_proteins%2Efasta.mpi.10.0<br><br>

#-------------------------------#<br><br>

running  blast search.<br><br>

#--------- command -------------#<br><br>

Widget::blastx:<br><br>

/home/bioinf/maker/bin/../exe/ab-blast/blastx -db /tmp/maker_eiYoLm/te_proteins%2Efasta.mpi.10.0 -query /tmp/maker_eiYoLm/rank0/contig-dpp-500-500.0 -num_alignments 10000 -num_descriptions 10000 -evalue 1e-06 -dbsize 300 -searchsp 500000000 -num_threads 1 -seg yes -soft_masking true -lcase_masking -show_gis -out /home/bioinf/Desktop/TEMP/dpp_contig.maker.output/dpp_contig_datastore/05/1F/contig-dpp-500-500//theVoid.contig-dpp-500-500/contig-dpp-500-500.0.te_proteins%2Efasta.repeatrunner.temp_dir/te_proteins%2Efasta.mpi.10.0.repeatrunner<br><br>

#-------------------------------#<br><br>

FATAL:  Argument 1 ("-db") is not recognized or is improperly formed.<br><br>

EXIT CODE 5<br><br>

FATAL:  Argument 1 ("-db") is not recognized or is improperly formed.<br><br>

EXIT CODE 5<br><br>

ERROR: BLASTX failed<br><br>

ERROR: Failed while doing blastx repeats<br><br>

ERROR: Chunk failed at level:1, tier_type:1<br><br>

FAILED CONTIG:contig-dpp-500-500<br><br><br><br>

ERROR: Chunk failed at level:2, tier_type:0<br><br>

FAILED CONTIG:contig-dpp-500-500<br><br><br><br><br><br><br><br><br><br>

--Next Contig--<br><br><br><br>

Processing run.log file...<br><br>

MAKER WARNING: The file dpp_contig.maker.output/dpp_contig_datastore/05/1F/contig-dpp-500-500//theVoid.contig-dpp-500-500/contig-dpp-500-500.0.te_proteins%2Efasta.repeatrunner<br><br>

did not finish on the last run and must be erased<br><br>

#---------------------------------------------------------------------<br><br>

Now retrying the contig!!<br><br>

SeqID: contig-dpp-500-500<br><br>

Length: 32156<br><br>

Tries: 2!!<br><br>

#---------------------------------------------------------------------<br><br><br><br><br><br>

re reading repeat masker report.<br><br>

/home/bioinf/Desktop/TEMP/dpp_contig.maker.output/dpp_contig_datastore/05/1F/contig-dpp-500-500//theVoid.contig-dpp-500-500/contig-dpp-500-500.0.all.rb.out<br><br>

running  blast search.<br><br>

#--------- command -------------#<br><br>

Widget::blastx:<br><br>

/home/bioinf/maker/bin/../exe/ab-blast/blastx -db /tmp/maker_eiYoLm/te_proteins%2Efasta.mpi.10.0 -query /tmp/maker_eiYoLm/rank0/contig-dpp-500-500.0 -num_alignments 10000 -num_descriptions 10000 -evalue 1e-06 -dbsize 300 -searchsp 500000000 -num_threads 1 -seg yes -soft_masking true -lcase_masking -show_gis -out /home/bioinf/Desktop/TEMP/dpp_contig.maker.output/dpp_contig_datastore/05/1F/contig-dpp-500-500//theVoid.contig-dpp-500-500/contig-dpp-500-500.0.te_proteins%2Efasta.repeatrunner.temp_dir/te_proteins%2Efasta.mpi.10.0.repeatrunner<br><br>

#-------------------------------#<br><br>

FATAL:  Argument 1 ("-db") is not recognized or is improperly formed.<br><br>

EXIT CODE 5<br><br>

FATAL:  Argument 1 ("-db") is not recognized or is improperly formed.<br><br>

EXIT CODE 5<br><br>

ERROR: BLASTX failed<br><br>

ERROR: Failed while doing blastx repeats<br><br>

ERROR: Chunk failed at level:1, tier_type:1<br><br>

FAILED CONTIG:contig-dpp-500-500<br><br><br><br>

ERROR: Chunk failed at level:2, tier_type:0<br><br>

FAILED CONTIG:contig-dpp-500-500<br><br><br><br><br><br><br><br><br><br>

--Next Contig--<br><br><br><br>

Processing run.log file...<br><br>

MAKER WARNING: The file dpp_contig.maker.output/dpp_contig_datastore/05/1F/contig-dpp-500-500//theVoid.contig-dpp-500-500/contig-dpp-500-500.0.te_proteins%2Efasta.repeatrunner<br><br>

did not finish on the last run and must be erased<br><br><br><br><br><br>

Maker is now finished!!!<br><br><br><br>

bioinf@linux-hdoc:~/Desktop/TEMP><br><br><br><br><br>

Can you please help me?<br>

Thanks<br><br>

Joana</font></p></div></div>_______________________________________________maker-devel mailing list

<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com">maker-devel@box290.bluehost.com</a>

<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a>

</span></body></html>