<span style="font-family: arial, sans-serif; background-color: rgba(255, 255, 255, 0.917969); ">Ok, I unpack this file, I have 3 directories (bin include lib) and the readme file, you tell me add this to my $PATH, but I  add to my path all executables (bin), but the other 2 directories? I don't think that I have to add to my path, is different to Blast+, in blast+ I only copy the executables to my path, the other directories are only data</span><div style="font-family: arial, sans-serif; background-color: rgba(255, 255, 255, 0.917969); "><br></div><div style="font-family: arial, sans-serif; background-color: rgba(255, 255, 255, 0.917969); ">The bin directory have many executables like blast+, if I add all to my path, so I will have many duplicate executables, does this not cause a conflict?</div><br>On Monday, March 26, 2012 10:33:55 AM UTC-5, Jason Stajich wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div style="word-wrap:break-word">Hi Daniel -<div><br></div><div>Just download, unpackage the precompiled (<span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><span style="color:rgb(0,0,0)"> </span></span><span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><span style="color:rgb(0,0,0)">rmblast-1.2-ncbi-blast-2.2.<wbr>23+-x64-linux.tar.gz ) </span></span>version and tell RepeatMasker where the exes are when you configure RepeatMasker.  RMBlast is for RepeatMasker.<div> </div><div>For running BLAST in MAKAER would install NCBI-BLAST+ if you don't have wu-blast --- <a href="ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST" target="_blank">ftp://ftp.ncbi.nih.gov/<wbr>blast/executables/blast+/<wbr>LATEST</a> - I believe current maker supports BLAST+, BLAST, and WU-BLAST so you have your pick.</div></div><div><br></div><div>Jason</div><div><div>On Mar 25, 2012, at 7:53 PM, Daniel Fernández wrote:</div><br><blockquote type="cite"><font size="2" face="verdana, sans-serif">Hi,</font><div><font size="2" face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div><font size="2" face="verdana, sans-serif">I trying to install MAKER, I don't have WU-Blast, I have Blast+ so in the README file tell me that I need RMBlast, but I don't know what file I have to choose, <span style="color:rgb(0,0,0)">rmblast-1.2-ncbi-<wbr>blast-2.2.23+-src.tar.gz or </span><span style="color:rgb(0,0,0)">rm<wbr>blast-1.2-ncbi-blast-2.2.23+-<wbr>x64-linux.tar.gz (I have Linux 64-bit) in each version the README file is the same, and there tell me how I can install it, but the instructions is only for </span></font><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">rmblast-1.2-ncbi-blast-2.<wbr>2.23+-src, well, when I try to install it, I type this </span><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">$</span><font color="#000000" face="verdana, sans-serif" size="2">./configure --with-mt --prefix=/usr/local/bioinfo/<wbr>repeatmasker/rmblast --without-debug</font></div><div><font color="#000000" face="verdana, sans-serif" size="2">This show me error, and I type make and this show stop.</font></div><div><font color="#000000" face="verdana, sans-serif" size="2"><br></font></div><div><font color="#000000" face="verdana, sans-serif" size="2">Can you help me please?</font></div><div><font color="#000000" face="verdana, sans-serif" size="2"><br></font></div><div><font color="#000000" face="verdana, sans-serif" size="2">This show me when I type </font><span style="font-size:small;color:rgb(0,0,0);font-family:verdana,sans-serif">$</span><font color="#000000" face="verdana, sans-serif" size="2">./configure --with-mt --prefix=/usr/local/bioinfo/<wbr>repeatmasker/rmblast --without-debug</font></div><div><font color="#000000" face="verdana, sans-serif" size="2">------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>-----------------------</font></div><div><font color="#000000" face="verdana, sans-serif" size="2"><div>configure: loading site script ./src/build-system/config.site</div><div>configure: loading cache config.cache<br></div><div>checking build system type... x86_64-unknown-linux-gnu</div><div>checking host system type... x86_64-unknown-linux-gnu</div><div>checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c</div><div>checking for gcc... gcc</div><div>checking for C compiler default output file name... a.out</div><div>checking whether the C compiler works... yes</div><div>checking whether we are cross compiling... no</div><div>checking for suffix of executables... </div><div>checking for suffix of object files... o</div><div>checking whether we are using the GNU C compiler... yes</div><div>checking whether gcc accepts -g... yes</div><div>checking for gcc option to accept ANSI C... none needed</div><div>checking for g++... no</div><div>checking for c++... no</div><div>checking for gpp... no</div><div>checking for aCC... no</div><div>checking for CC... no</div><div>checking for cxx... no</div><div>checking for cc++... no</div><div>checking for cl... no</div><div>checking for FCC... no</div><div>checking for KCC... no</div><div>checking for RCC... no</div><div>checking for xlC_r... no</div><div>checking for xlC... no</div><div>checking whether we are using the GNU C++ compiler... no</div><div>checking whether g++ accepts -g... no</div><div>adjusted C   compiler: /usr/bin/gcc </div><div>./src/build-system/configure: line 4404: type: g++: not found</div><div>dirname: missing operand</div><div>Try `dirname --help' for more information.</div><div>configure: error: Do not know how to build MT-safe with compiler g++ ./src/build-system/configure: line 4187: g++: command not found</div><div>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>-----------</div></font></div></div>______________________________<wbr>_________________<br>maker-devel mailing list<br><a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.<wbr>com</a><br><a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/<wbr>mailman/listinfo/maker-devel_<wbr>yandell-lab.org</a><br></blockquote></div><br><div>
<span style="border-collapse:separate;color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;font-size:medium"><div>Jason Stajich</div><div><a href="mailto:jason.stajich@gmail.com" target="_blank">jason.stajich@gmail.com</a></div><div><a href="mailto:jason@bioperl.org" target="_blank">jason@bioperl.org</a></div></span>
</div>
<br></div></blockquote>