<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif; "><div>Yes.  If you have them in fasta format, just provide them to the est= option and let MAEKR align them with exonerate.  If you used something like cufflinks or trinity, to process them you can provide them to the est_gff option (MAKER comes with a cufflinks2gff3 converter to make that easy).</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Carson</div><div><br></div><span id="OLK_SRC_BODY_SECTION"><div style="font-family:Calibri; font-size:11pt; text-align:left; color:black; BORDER-BOTTOM: medium none; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0in; PADDING-LEFT: 0in; PADDING-RIGHT: 0in; BORDER-TOP: #b5c4df 1pt solid; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 3pt"><span style="font-weight:bold">From: </span> Sivaranjani Namasivayam <<a href="mailto:ranjani@uga.edu">ranjani@uga.edu</a>><br><span style="font-weight:bold">Date: </span> Wed, 4 Apr 2012 02:24:49 +0000<br><span style="font-weight:bold">To: </span> "<a href="mailto:maker-devel@yandell-lab.org">maker-devel@yandell-lab.org</a>" <<a href="mailto:maker-devel@yandell-lab.org">maker-devel@yandell-lab.org</a>><br><span style="font-weight:bold">Subject: </span> [maker-devel] mRNA-seq data<br></div><div><br></div><div dir="ltr"><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1"><style id="owaParaStyle">P {

        MARGIN-TOP: 0px; MARGIN-BOTTOM: 0px

}

</style><div fpstyle="1" ocsi="0"><div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hi, I am using to MAKER to annotate a genome and I would like a couple of clarifications. In the previous version of MAKER, under EST_evidence in maker_opts. ctl the user could input est and est_reads- the mRNAseq reads (although this was not fully implemented).The latest version of MAKER uses mRNA-seq data to improve annotation quality.I have assembled transcriptome data from Sanger,454 and Illumina  Do I just provide all this data in a fasta file format to the 'est' option? Is this is the best way to provide the mRNA-seq evidence?Will this assure the mRNA-seq data is used to improve the annotations?

</p><p> </p><p>Thanks!</p><p> </p><p>Ranjani</p></div></div></div>

_______________________________________________

maker-devel mailing list

<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com">maker-devel@box290.bluehost.com</a>

<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a>

</span></body></html>