Hello maker developers and users,<div><br></div><div><span class="Apple-style-span">I am attempting to use the gff3</span>_preds2models<span class="Apple-style-span"> scripts, but running into a few issues.</span></div><div>
<br></div><div>Initially, I hit errors that seemed to be fixed by installing CGI and its dependancies.  However, that during that installation a few tests did fail.  I can provide error logs if that would be helpful, however, I went on to install and attempt gff3_preds2models anyway.</div>
<div><br></div><div>What I am currently doing is running gff3_merge first, to gather the maker outputs.  I am doing so with both the -n option on and off.  When providing the gff3 file with the sequence I get the following error from gff3_preds2models:</div>
<div><br></div><div>Undefined subroutine &maker::auto_annotator::annotate called at /Users/Walter/Bioinformatics/Tools/maker/bin/gff3_preds2models line 97, <GEN16> line 992291.</div><div><br></div><div>This seemed to be the same error as that of what someone else saw on these boards, but I did not see a later email resolving the issue.</div>
<div><br></div><div>I also tried giving it just the gff3 without the sequences at the bottom of the file and then I get this error:</div><div><br></div><div><div>ERROR: There was a problem in the writing the fasta entry</div>
<div>Either no sequence was given, or there was an error in writing</div></div><div><br></div><div>This leads me to believe I should be using the one with the sequence, but I am not certain of that.</div><div><br></div><div>
I see it might be possible to go from maker outputs to chado database then to gene->mRNA->exon gff3s, but I have not set up my machine for XML or chado yet, and it does not appear trivial.</div><div><br></div><div>Thanks for the help,</div>
<div><br></div><div>Walter</div>