<html dir="ltr">

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style id="owaParaStyle">P {

        MARGIN-TOP: 0px; MARGIN-BOTTOM: 0px

}

</style>

</head>

<body fPStyle="1" ocsi="0">

<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">

<p>Hi,</p>

<p> </p>

<p>I am using to MAKER to annotate a genome and I would like a couple of clarifications.</p>

<p> </p>

<p>In the previous version of MAKER, under EST_evidence in maker_opts. ctl the user could input est and est_reads- the mRNAseq reads (although this was not fully implemented).</p>

<p>The latest version of MAKER uses mRNA-seq data to improve annotation quality.</p>

<p>I have assembled transcriptome data from Sanger,454 and Illumina </p>

<p> </p>

<p>Do I just provide all this data in a fasta file format to the 'est' option? Is this is the best way to provide the mRNA-seq evidence?Will this assure the mRNA-seq data is used to improve the annotations?

</p>

<p> </p>

<p>Thanks!</p>

<p> </p>

<p>Ranjani</p>

</div>

</body>

</html>