
<html dir="ltr">

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" id="owaParaStyle"></style>

</head>

<body fpstyle="1" ocsi="0">

<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hi,

<div><br>

</div>

<div>I tried running the latest version of Maker 2.23 with my dataset but with out much success.</div>

<div><br>

</div>

<div>When I run it without the mpi option I exits with a segmentation fault</div>

<div><br>

</div>

<div>

<div>STATUS: Processing and indexing input FASTA files...</div>

<div>Segmentation fault</div>

</div>

<div><br>

</div>

<div>So, I tried it with mpi, the run does start but I don't see any output files. I ran it with 20 cpus for close to 10 hrs </div>

<div><br>

</div>

<div>I tested this with the sample data in maker's data folder. </div>

<div><br>

</div>

<div>Input in maker_opts.ctl file</div>

<div><br>

</div>

<div>genome=/usr/local/maker/2.23/data/dpp_contig.fasta</div>

<div>est= /usr/local/maker/2.23/data/dpp_est.fasta</div>

<div>protein= /usr/local/maker/2.23/data/dpp_protein.fasta</div>

<div>est2genome=1</div>

<div><br>

</div>

<div>This was the command I executed</div>

<div><br>

</div>

<div>usr/local/mpich2/1.4.1p1/gcc_4.5.3/bin/mpirun -np 2 /usr/local/maker/2.23/bin/maker maker_opts.ctl maker_bopts.ctl maker_exe.ctl</div>

<div><br>

</div>

<div>The following folder with the protein sequence file gets created</div>

<div><br>

</div>

<div>dpp_contig.maker.output</div>

<div><br>

</div>

<div>But I can't see any progress after that.</div>

<div><br>

</div>

<div>Can you please tell me if I might be doing something wrong or need further details</div>

<div><br>

</div>

<div>I was able run the previous version of Maker 2.10 successfully with my dataset.</div>

<div><br>

</div>

<div>Thanks,</div>

<div>Ranjani</div>

<div><br>

</div>

<div><br>

</div>

</div>

</body>

</html>