Hi Carson,<div><br></div><div>Thanks for the response, even a late one, and thanks for the script.  I'll certainly be giving that a try.</div><div><br></div><div>Walter</div><div><br><div class="gmail_quote">On 1 May 2012 15:07, Carson Holt <span dir="ltr"><<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank">carsonhh@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><div style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14px">Sorry for the slow response.  The <span style="font-size:15px;font-family:Calibri">gff3_preds2models script has been deprecated for some time now (isn't even in the release code anymore), and the old one won't work with the new library.</span></div>
<div style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14px"><span style="font-size:15px;font-family:Calibri"><br></span></div><div style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14px"><span style="font-size:15px;font-family:Calibri">I've attached a made from scratch drop-in replacement that you can use to do what the old script would have done.  In the current release of MAKER, instead of the gff3_preds2models script users can just give MAKER  a set of predictions in GFF3 format (pred_gff option) and set keep_preds=1 (then leave all other options blank).  The predictions given will the be converted into gene models.</span></div>
<div style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14px"><span style="font-size:15px;font-family:Calibri"><br></span></div><div><span style="font-size:15px">Thanks,</span></div><div><span style="font-size:15px">Carson</span></div>
<div><span style="font-size:15px"><br></span></div><div><span style="font-size:15px"><br></span></div><div style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14px"><br></div><span style="font-size:14px;font-family:Calibri,sans-serif"><div style="border-right:medium none;padding-right:0in;padding-left:0in;padding-top:3pt;text-align:left;font-size:11pt;border-bottom:medium none;font-family:Calibri;border-top:#b5c4df 1pt solid;padding-bottom:0in;border-left:medium none">
<span style="font-weight:bold">From: </span> Walter Eckalbar <<a href="mailto:weckalba@asu.edu" target="_blank">weckalba@asu.edu</a>><br><span style="font-weight:bold">Date: </span> Tuesday, 3 April, 2012 7:28 PM<br>
<span style="font-weight:bold">To: </span> <<a href="mailto:maker-devel@yandell-lab.org" target="_blank">maker-devel@yandell-lab.org</a>><br><span style="font-weight:bold">Subject: </span> [maker-devel] gff3_preds2models usage question<br>
</div><div><div class="h5"><div><br></div>Hello maker developers and users,<div><br></div><div><span>I am attempting to use the gff3</span>_preds2models<span> scripts, but running into a few issues.</span></div><div><br></div>
<div>Initially, I hit errors that seemed to be fixed by installing CGI and its dependancies.  However, that during that installation a few tests did fail.  I can provide error logs if that would be helpful, however, I went on to install and attempt gff3_preds2models anyway.</div>
<div><br></div><div>What I am currently doing is running gff3_merge first, to gather the maker outputs.  I am doing so with both the -n option on and off.  When providing the gff3 file with the sequence I get the following error from gff3_preds2models:</div>
<div><br></div><div>Undefined subroutine &maker::auto_annotator::annotate called at /Users/Walter/Bioinformatics/Tools/maker/bin/gff3_preds2models line 97, <GEN16> line 992291.</div><div><br></div><div>This seemed to be the same error as that of what someone else saw on these boards, but I did not see a later email resolving the issue.</div>
<div><br></div><div>I also tried giving it just the gff3 without the sequences at the bottom of the file and then I get this error:</div><div><br></div><div><div>ERROR: There was a problem in the writing the fasta entry</div>
<div>Either no sequence was given, or there was an error in writing</div></div><div><br></div><div>This leads me to believe I should be using the one with the sequence, but I am not certain of that.</div><div><br></div><div>

I see it might be possible to go from maker outputs to chado database then to gene->mRNA->exon gff3s, but I have not set up my machine for XML or chado yet, and it does not appear trivial.</div><div><br></div><div>
Thanks for the help,</div><div><br></div><div>Walter</div></div></div>
_______________________________________________
maker-devel mailing list
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a>
</span></div>
</blockquote></div><br></div>