<div><font face="'Trebuchet MS'">Hello,</font></div><div><font face="'Trebuchet MS'"><br></font></div><div><font face="'Trebuchet MS'">I have a few </font><font face="'Courier New'">tblastn</font><font face="'Trebuchet MS'"> alignments with a lot of low quality hits. I have to clean that up. Can you please suggest how Maker pipeline does it? Also can I run it directly on my data without having to go through the whole pipeline?</font></div><div><font face="'Trebuchet MS'"><br></font></div><div><font face="'Trebuchet MS'">Thanks,</font></div><div><font face="'Trebuchet MS'"><br></font></div><div><font face="'Trebuchet MS'">-Yogesh</font></div>