Hi, <br>Using maker 2.24, I am getting the following error (see below) in protein2genome widget.  I also get the same error with est2genome.  This happens with my own data (testing on a single scaffold), but not with the test data supplied with maker (dpp files in data folder). <br>
Scott<br><br><br>Widget::exonerate::protein2genome:<br>/data0/opt/AlignmentSoftware/exonerate/exonerate-2.2.0-x86_64/bin/exonerate -q /data0/opt/GenePrediction/maker/bdor/makercustom/scaffold1.maker.output/scaffold1_datastore/B8/E3/scaffold00001//theVoid.scaffold00001/UniRef90_UPI000194D3FC.for.1588546-1589203.9.fasta -t /data0/opt/GenePrediction/maker/bdor/makercustom/scaffold1.maker.output/scaffold1_datastore/B8/E3/scaffold00001//theVoid.scaffold00001/scaffold00001.1588546-1589203.9.fasta -Q protein -T dna -m protein2genome --softmasktarget  --percent 20 --showcigar  > /data0/opt/GenePrediction/maker/bdor/makercustom/scaffold1.maker.output/scaffold1_datastore/B8/E3/scaffold00001//theVoid.scaffold00001/scaffold00001.1588546-1589203.UniRef90_UPI000194D3FC.p_exonerate.9<br>
#-------------------------------#<br>cleaning blastx...<br>in cluster::shadow_cluster...<br>...finished clustering.<br>cleaning clusters....<br>total clusters:2 now processing 0<br> ...processing 0 of 23<br> ...processing 1 of 23<br>
 ...processing 2 of 23<br> ...processing 3 of 23<br> ...processing 4 of 23<br> ...processing 5 of 23<br> ...processing 6 of 23<br> ...processing 7 of 23<br> ...processing 8 of 23<br> ...processing 9 of 23<br> ...processing 10 of 23<br>
 ...processing 11 of 23<br> ...processing 12 of 23<br> ...processing 13 of 23<br> ...processing 14 of 23<br> ...processing 15 of 23<br> ...processing 16 of 23<br> ...processing 17 of 23<br> ...processing 18 of 23<br> ...processing 19 of 23<br>
 ...processing 20 of 23<br> ...processing 21 of 23<br>total clusters:2 now processing 0<br>in cluster::shadow_cluster...<br>...finished clustering.<br>cleaning clusters....<br>total clusters:2 now processing 0<br> ...processing 0 of 20<br>
 ...processing 1 of 20<br> ...processing 2 of 20<br> ...processing 3 of 20<br> ...processing 4 of 20<br> ...processing 5 of 20<br> ...processing 6 of 20<br> ...processing 7 of 20<br> ...processing 8 of 20<br> ...processing 9 of 20<br>
 ...processing 10 of 20<br> ...processing 11 of 20<br> ...processing 12 of 20<br> ...processing 13 of 20<br> ...processing 14 of 20<br> ...processing 15 of 20<br> ...processing 16 of 20<br> ...processing 17 of 20<br> ...processing 18 of 20<br>
total clusters:2 now processing 0<br>Can't call method "strand" on an undefined valueERROR: Failed while flattening protein clusters<br>ERROR: Chunk failed at level:11, tier_type:2<br>FAILED CONTIG:scaffold00001<br>
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