Greetings!<br><br>I have a quick question about re-annotation with Maker. I have successfully completed a Maker run, but now I would like to re-run Maker with some additional EST evidence (from a related organism, aligned and in GFF3 format). I simply added the file to the <b>altest_gff</b> configuration setting and re-ran Maker. However, from  the log messages it looked like Maker was starting from scratch rather than using what had already been completed in the initial run. Luckily, I had made a backup of the complete Maker data structure, so I killed the job, deleted the data structure, and restored from the backup.<br>

<br>Before I try to run this again, do I need to change any other configuration settings to do this re-annotation? The stanza under <b>Re-annotation Using MAKER Derived GFF3</b> looks relevant, but it is not clear to me which settings need to be set.<br>

<br>Thanks!<br clear="all"><br>--<br>Daniel S. Standage<br>Ph.D. Candidate<br>Bioinformatics and Computational Biology Program<br>Department of Genetics, Development, and Cell Biology<br>Iowa State University<br><br>