<span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px;background-color:rgb(255,255,255)">Hi,</span><br style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px;background-color:rgb(255,255,255)">
<br style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px;background-color:rgb(255,255,255)">     I am running Maker version 2.26. I have two questions:</span><br style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px;background-color:rgb(255,255,255)">
<br style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px;background-color:rgb(255,255,255)">1)</span><br style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px;background-color:rgb(255,255,255)">
<br style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px;background-color:rgb(255,255,255)">    When I run maker, I get errors like the following printed to STDOUT: </span><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px;background-color:rgb(255,255,255)">
<br></div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px;background-color:rgb(255,255,255)"><div>DBD::SQLite::db selectcol_arrayref failed: database is locked at /home/zjiang/.mnt/kwj/maker/bin/../lib/GFFDB.pm line 107.</div>
<div>...</div><div>DBD::SQLite::db do failed: database is locked at /home/zjiang/.mnt/kwj/maker/bin/../lib/GFFDB.pm line 109.</div><div>...</div><div>DBD::SQLite::db do failed: database is locked at /home/zjiang/.mnt/kwj/maker/bin/../lib/GFFDB.pm line 497, <$IN> line 2.</div>
<div><br></div><div>     I reinstalled the indicated module via cpanm and restarted Maker from the beginning in a new directory, and I am getting the same error. The first time I ran maker, I ignored these and the maker run seemingly proceeded to the process the contigs correctly. Is this something I should be worried about?<br>
<br><br>2)<br><br>    I am running Maker on a single server with 64 processors. Would it be faster to use MPICH2, or to simply restart Maker in the same directory ~16 times, with the # of CPUs option that gets passed to Blast set to 4 for each restart?<br>
<br>    I believe that I have MPICH2 correctly compiled and installed; if it would be faster to use MPICH2, could someone provide me with a sample command line entry to use for Maker? I am confused about how to run MPICH2 on a single node (without a hostfile?), and searching the maker-dev-list archive seems to give me results for older versions of MAKER and MPICH2.<br>
<br>Thank you,<br><br><br>Best,<br><br>     Kipp Johnson<br>     <a href="mailto:kippjohnson@uchicago.edu" target="_blank" style="color:rgb(17,85,204)">kippjohnson@uchicago.edu</a></div></div>