Hi Carson,<div><br></div><div>      I'm trying to get my genetic annotation out of maker. My maker run on a non-model eukaryote finished, and I used your gff3_merge script to merge the resulting files. This file is enormous, because I used snap, augustus, genemark, repeatmasker, exonerate, and blast, and has a lot of entries from all of these different programs.</div>
<div><br></div><div>      I want to extract only the genetic regions predicted by maker, so I used the gff3_merge script with the "-g" option. However, when I do this, I get a maker file that only has about 12,000 genes, while I was expecting around 20,000 genes for our genome. However, when I use the fasta merge tool, however, I get output files (for example, "merged.fasta.all.maker.non_overlapping_ab_initio.proteins.fasta") with about 21,000 proteins, which is closer to the gene number that I was expecting. Does the "-g" option ignore evidence from blast/exonerate or similar? How should I extract the complete set of genetic regions to blast against, so that I can go about further working on the annotation?</div>
<div><br></div><div>Also, what is maker using to find these 9,000 extra proteins? Are these these all alternately sliced or something along those lines? I can't find any documentation online for how to actually get the final annotations out of maker correctly.</div>
<div><br></div><div>Thanks for your time!</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>     Kipp Johnson</div><div>     <a href="mailto:kippjohnson@uchicago.edu">kippjohnson@uchicago.edu</a></div>