Greetings!<div><br></div><div>I am doing a test run of my Maker setup on a new machine, annotating a pretty short contig (about 3kb). However, there seems to be a hiccup during the blastn stage. This is the terminal message.</div>

<div><br></div><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div><div><font face="courier new, monospace">#--------- command -------------#</font></div></div><div><div><font face="courier new, monospace">Widget::blastn:</font></div>

</div><div><div><font face="courier new, monospace">/share/home/01854/standage/local/bin/blastn -db /tmp/2881473.1.development/maker_i6ZSJi/Pdom%2ETrinity%2ETrimmomatic%2Efasta.mpi.10.7 -query /</font><span style="font-family:'courier new',monospace">tmp/2881473.1.development/maker_i6ZSJi/rank0/scaffold_866.0 -num_alignments 100000 -num_descriptions 100000 -evalue 1e-10 -gapextend 3 -wo</span><span style="font-family:'courier new',monospace">rd_size 15 -reward 1 -penalty -3 -gapopen 3 -dbsize 1000 -searchsp 500000000 -num_threads 16 -lcase_masking -dust yes -soft_masking true -sh</span><span style="font-family:'courier new',monospace">ow_gis -out /scratch/01854/standage/PdomGenomic/Annotation/scripts/maker.bogus.maker.output/maker.bogus_datastore/scaffold_866/theVoid.scaff</span><span style="font-family:'courier new',monospace">old_866/scaffold_866.0.Pdom%2ETrinity%2ETrimmomatic%2Efasta.blastn.temp_dir/Pdom%2ETrinity%2ETrimmomatic%2Efasta.mpi.10.7.blastn</span></div>

</div><div><div><font face="courier new, monospace">#-------------------------------#</font></div></div><div><div><font face="courier new, monospace">deleted:0 hits</font></div></div><div><div><font face="courier new, monospace">ERROR:  Could not obtain lock to format database</font></div>

</div><div><div><font face="courier new, monospace"><br></font></div></div><div><div><font face="courier new, monospace"><br></font></div></div><div><div><font face="courier new, monospace">FATAL ERROR</font></div></div>
<div>
<div><font face="courier new, monospace">ERROR: Failed while doing blastn of ESTs!!</font></div></div><div><div><font face="courier new, monospace"><br></font></div></div><div><div><font face="courier new, monospace">ERROR: Chunk failed at level 8</font></div>

</div><div><div><font face="courier new, monospace">!!</font></div></div><div><div><font face="courier new, monospace">FAILED CONTIG:scaffold_866</font></div></div></blockquote><div><br></div><div>Several blastn steps appeared to have completed successfully to this one failing. Any ideas what could be causing this?</div>

<div><br></div><div>Thanks!</div><div><br>--<br>Daniel S. Standage<br>Ph.D. Candidate<br>Bioinformatics and Computational Biology Program<br>Department of Genetics, Development, and Cell Biology<br>Iowa State University<br>


<br>
</div>