Hello,<div><br></div><div>I am using the pipeline to try and annotate the assembly of a genome that we recently made in the lab (~70000 scaffolds). </div><div><br></div><div>We have a specific interest in selected contigs for biological reasons (significant QTLs for a phenotype of interest that we'd like to link to potential genes), though of course we want to annotate most of the genome in the end.I was wondering if there was a way to bump some contigs up the list ?</div>
<div><br></div><div>I have tried to just extract the specific contigs into a smaller fasta file and run maker separately just on them, but I don't know how to reintegrate them in the final complete output in the end and if it's even possible. </div>
<div><br></div><div>Do you have any advice for this ?</div><div><br style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)"><font color="#222222" face="arial, sans-serif">Thank you so much in advance for your most invaluable help !</font></div>
<div><font color="#222222" face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#222222" face="arial, sans-serif">Sincerely yours,</font></div><div><font color="#222222" face="arial, sans-serif"><br></font></div><div>
Bérénice</div><div><font color="#222222" face="arial, sans-serif"><br></font>-- <br><font>Bérénice A. BENAYOUN, Ph.D.</font><br>
Stanford University/Genetics Department<br><i>BRUNET Laboratory</i>, 'Molecular Basis of Longevity and Age Related Diseases'<br>
M312 Alway Building<br>
300, Pasteur Drive<br><span>MC 5120 <br>
Stanford, CA 94305-5120</span><br>USA<br>
Email: <a href="mailto:benayoun@stanford.edu" target="_blank">benayoun@stanford.edu</a><br>
Web: <a href="http://www.stanford.edu/group/brunet/" target="_blank">www.stanford.edu/group/brunet/</a><a href="http://www.stanford.edu/group/brunet/" target="_blank"></a><br>
</div>