<div dir="ltr"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px"> Hello Maker-devel</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px">    Thanks for adding me to the list. I am new to this field.</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px"> I have a query regarding maker annotation.</span><div>
<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px">    I have assembled a fungal Genome with 1590 contigs and was trying to</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px">
<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px">    annotate it using MAKER pipeline. I only have paired end WGS sequence from</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px">
<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px">    Illumina HiSeq sequencing which were assembled using CLCbio. I dont have</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px">
<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px">    any transcriptome data. I am using ESTs of a closer species for validation</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px">
<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px">    and similarly the protein sequences. I have started annotation but the</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px">
<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px">    problem is the pipeline gets stuck to the first contig on blastx step and</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px">
<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px">    doesn't move further. I could not make out the problem. Can you please help</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px">
<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px">    me out of this.</span><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px">Thanks and regards</span><br clear="all">
<div><br></div>-- <br><a href="https://mail.google.com/mail/?ui=2&ik=8ec2492227&view=att&th=130da06dcd7f8e6a&attid=0.0.1&disp=emb&realattid=b8967bbd6e93d49d_0.25&zw" target="_blank"></a>Indu Khatri<br>
PhD Research Fellow,<div>C/o Dr. Srikrishna Subramanian<br>Institute of Microbial Technology,<br>Chandigarh-160036,<br>India<br><br></div>
</div></div></div>