<html dir="ltr">

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>

</head>

<body ocsi="0" fpstyle="1">

<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hi,<br>

<br>

I have a query regarding MAKER predictions. I made a a first round of predictions with RNAseq data from 454 and Illumina as EST evidence and proteins sequences from related organisms as proteins evidence. I also used augustus trained on a closely related organism

 as the ab-initio gene predictor.<br>

I got ~4000 maker annotations (I expect around ~10,000 genes)<br>

<br>

I used the annotations with AED score of 0 to train SNAP and used the HMM when retraining MAKER. This time I got ~8,000 genes but when I examined some annotations they appeared to be have worsened when compared to the initial predictions: that is, genes were

 getting split, UTRs were not annotated and the original predictions were modified but not for better.

<br>

<br>

Would you have any suggestions on how I can improve the annotations.<br>

<br>

Also, is there a way to tell MAKER to produce gene models for all the cufflinks assembled transcripts(that is, for the data set I provide as EST evidence).<br>

<br>

Thanks,<br>

Ranjani<br>

</div>

</body>

</html>