<div dir="ltr">Good morning!<div><br></div><div>I have a quick question or two about the AED scores reported for each transcript annotated by Maker. So, if I understand correctly, AED is 1-C, where the congruency C is the average of the sensitivity and specificity. The sn and sp values can be calculated for different levels (whole transcripts, exons, or individual nucleotides), but the text of the Maker2 paper suggests the reported AED value is calculated based on nucleotide-level congruency with the aligned evidence--is this correct?</div>

<div><br></div><div>I'm assuming this score is stored in the <b>_AED</b> attribute, which leads to my other question: what does the value of the <b>_eAED</b> attribute represent? Is this the same score calculated at the exon level?</div>

<div><br></div><div>Many thanks!<br clear="all"><div><br>--<br>Daniel S. Standage<br>Ph.D. Candidate<br>Bioinformatics and Computational Biology Program<br>Department of Genetics, Development, and Cell Biology<br>Iowa State University<br>

</div>
</div></div>