Hi,<div><br></div><div>Many thanks for your quick reply and hint.</div><div><br></div><div>Yes, you're right .. further up there is indeed</div><div><br></div><div>Calling FastaDB::new at /opt/src/maker_svn/bin/../lib/FastaSeq.pm line 148 thread 1.</div>
<div><div>Thread 1 terminated abnormally: ERROR: Could not reestablish DB to thaw FastaSeq for Storable</div><div>--> rank=5, hostname=fatnode, at /opt/src/maker_svn/bin/maker line 1457 thread 1.</div><div><br></div><div>
I run a "script" session and have maker on -debug so I have everything in one file. Do you prefer to have it attached to a post to this mailing list (if it accepts txt attachments)</div><div><br></div>Cheers.</div>
<div><br></div><div><br><div class="gmail_quote">On Wed, Mar 6, 2013 at 6:34 PM, Ramón Fallon <span dir="ltr"><<a href="mailto:ramonfallon@gmail.com" target="_blank">ramonfallon@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi,<div><br></div><div>I'm using the maker_svn rev 995 version and hand-compiled MPICH2 on a single multicore machine.</div><div><br></div><div>I've successfully run the dpp_contig.fasta (MPI/8 processes) example but am having trouble with larger contigs fasta files of my own, which are well formed.</div>

<div><br></div><div>I've run into a problem whereby an mpiexec run of 8 processes will stop due to a perl-thread related problem which says</div><div><br></div><div>FATAL: Thread terminated, causing all processes to fail</div>

<div> </div><div>this corresponds to line 924 in the maker executable (which is for the secondary/worker threads), and is the result of a test on !$thr OR'd with !$thr->is_running, so clearly one of these is failing. </div>

<div><br></div><div>$thr itself is a threads->new(\&$node_thread, $gdbfile). Despite being a programmer, I've only recently started to look at the code and have not got the hang of the parallelisation setup here, though I gather the master must use threads to initially generate the parallel instances which then use the message passing. Of course threads don't have message passing ability, so I guess something clever is going on and will take some time for me to understand.  </div>

<div><br></div><div>Clearly however, it has worked before on dpp_contigs, so it may be is something wrong with my datafile or the way I am carrying out the analysis.</div><div><br></div><div>Any clues that can be put my way are welcome.</div>

<div><br></div><div>Thank you!</div>
</blockquote></div><br></div>