OK great, here goes .. many thanks!<div><br></div><div><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Mar 6, 2013 at 7:04 PM, Carson Holt <span dir="ltr"><<a href="mailto:Carson.Holt@oicr.on.ca" target="_blank">Carson.Holt@oicr.on.ca</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="font-size:14px;font-family:Calibri,sans-serif;word-wrap:break-word">
<div>
<div>
<div>If you do reply all to this message, I should get the attachment.  It will be stripped from the one going to the list though.</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks,</div>
<div>Carson</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>
<div style="font-size:14px;font-family:Calibri,sans-serif">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div><br>
</div>
<span>
<div style="border-right:medium none;padding-right:0in;padding-left:0in;padding-top:3pt;text-align:left;font-size:11pt;border-bottom:medium none;font-family:Calibri;border-top:#b5c4df 1pt solid;padding-bottom:0in;border-left:medium none">

<span style="font-weight:bold">From: </span>Ramón Fallon <<a href="mailto:ramonfallon@gmail.com" target="_blank">ramonfallon@gmail.com</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Date: </span>Wednesday, 6 March, 2013 12:57 PM<br>
<span style="font-weight:bold">To: </span><<a href="mailto:maker-devel@yandell-lab.org" target="_blank">maker-devel@yandell-lab.org</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Subject: </span>Re: thread terminated, causing all processes to fail<br>
</div><div><div class="h5">
<div><br>
</div>
Hi,
<div><br>
</div>
<div>Many thanks for your quick reply and hint.</div>
<div><br>
</div>
<div>Yes, you're right .. further up there is indeed</div>
<div><br>
</div>
<div>Calling FastaDB::new at /opt/src/maker_svn/bin/../lib/FastaSeq.pm line 148 thread 1.</div>
<div>
<div>Thread 1 terminated abnormally: ERROR: Could not reestablish DB to thaw FastaSeq for Storable</div>
<div>--> rank=5, hostname=fatnode, at /opt/src/maker_svn/bin/maker line 1457 thread 1.</div>
<div><br>
</div>
<div>I run a "script" session and have maker on -debug so I have everything in one file. Do you prefer to have it attached to a post to this mailing list (if it accepts txt attachments)</div>
<div><br>
</div>
Cheers.</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
<div class="gmail_quote">On Wed, Mar 6, 2013 at 6:34 PM, Ramón Fallon <span dir="ltr">
<<a href="mailto:ramonfallon@gmail.com" target="_blank">ramonfallon@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi,
<div><br>
</div>
<div>I'm using the maker_svn rev 995 version and hand-compiled MPICH2 on a single multicore machine.</div>
<div><br>
</div>
<div>I've successfully run the dpp_contig.fasta (MPI/8 processes) example but am having trouble with larger contigs fasta files of my own, which are well formed.</div>
<div><br>
</div>
<div>I've run into a problem whereby an mpiexec run of 8 processes will stop due to a perl-thread related problem which says</div>
<div><br>
</div>
<div>FATAL: Thread terminated, causing all processes to fail</div>
<div> </div>
<div>this corresponds to line 924 in the maker executable (which is for the secondary/worker threads), and is the result of a test on !$thr OR'd with !$thr->is_running, so clearly one of these is failing. </div>
<div><br>
</div>
<div>$thr itself is a threads->new(\&$node_thread, $gdbfile). Despite being a programmer, I've only recently started to look at the code and have not got the hang of the parallelisation setup here, though I gather the master must use threads to initially generate
 the parallel instances which then use the message passing. Of course threads don't have message passing ability, so I guess something clever is going on and will take some time for me to understand.  </div>
<div><br>
</div>
<div>Clearly however, it has worked before on dpp_contigs, so it may be is something wrong with my datafile or the way I am carrying out the analysis.</div>
<div><br>
</div>
<div>Any clues that can be put my way are welcome.</div>
<div><br>
</div>
<div>Thank you!</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div></div></span>
</div>

</blockquote></div><br></div>