<div dir="ltr"><div>Dear maker-devel,<br><br>I have several RNA-seq experiment outputs that I want to use as input for MAKER annotation:<br>(1) Illumina 1.3, strain A, cell stage N<br>(2) Illumina 1.8, strain A, cell stage N<br>
(3) Illumina 1.8, strain B, cell stage N<br>(4) 454, strain unknown, cell stage M<br>For each experiment I mapped the reads and produced GTFs with tophat/cufflinks separately (and later converted to GFF3s with the supplied script)<br>
<br>Q1: Does it make a difference to run a different annotation pass for each GFF3 from tophat/cufflinks? <br>Q2: If this is the case, altering the order of passing the cDNA GFFs (e.g., first pass, experiment 1 GFF, then exp.2 in second pass, etc) will produce more or less transcripts? <br>
Q3: Is it better to simply merge this GFFs into a single nonredundant file (e.g. bedtools intersect) than using them separately, one for each MAKER pass? <br clear="all"><br></div>Thank you in advance,<br><br><br><div>
--<br>
Israel Barrantes<br>
Otto-von-Guericke-Universität<br>Lehrstuhl für Regulationsbiologie IBIO/FNW<br>
Deutschland<br>
<br> 
</div></div>