<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><div>Hello,<br><br></div>I'm currently trying to figure out ways to evaluate the quality of annotations that MAKER produces. I'm working on a novel species, so there isn't a reference genome to compare the annotation quality to.<br>
<br></div>After doing a bit of searching on the web, I came across the EVAL tool, which I thought may be useful for checking the output quality. EVAL takes in gtf files, not gff3, however MAKER seems to have addressed this problem through its accessory scripts.<br>
<br></div>I first used the script "gff3_merge" to have my whole annotation under one gff3 file. Next I used "add_utr_start_stop_gff". This would explicitly add the UTRs, which would be needed for converting the gff3 file to gtf. The problem arose when trying to run "gff3_to_eval_gtf". I was expecting MAKER to process the whole gff3 file, but it seems to have only processed 2 nodes. The same thing happens when running the "gff3_2_gtf" script.<br>
<br></div>Here is the command I'm running, along with the output:<br>gff3_to_eval_gtf assem_kmer_57_utr.gff3 <br>NODE_20666_length_66353_cov_18.405483    maker    CDS    8801    8984    .    -    0    gene_id "1"; transcript_id "2";<br>
NODE_20666_length_66353_cov_18.405483    maker    CDS    8113    8717    .    -    2    gene_id "1"; transcript_id "2";<br><br></div>My question is whether the "gff3_to_eval_gtf" and  "gff3_2_gtf" scripts have a bug in them, or whether I'm just doing the process wrong? Perhaps if the conversion doesn't work, there exists an alternative to EVAL that works with native MAKER annotations?<br>
<br></div>Attached is my whole genome gff3 file, along with the file I ran "gff3_to_eval_gtf" on.<br><div class="gmail_drive_chip" style="width:396px;height:18px;max-height:18px;background-color:#f5f5f5;padding:5px;color:#222;font-family:arial;font-style:normal;font-weight:bold;font-size:13px;border:1px solid #ddd">
<a href="https://docs.google.com/file/d/0Byl5QhezwxYOUFFBMVpldFJOb28/edit?usp=drive_web" target="_blank" style="display:inline-block;overflow:hidden;text-overflow:ellipsis;white-space:nowrap;text-decoration:none;padding:1px 0px;border:medium none;width:100%"><img style="vertical-align: bottom; border: none;" src="https://ssl.gstatic.com/docs/doclist/images/icon_10_generic_list.png"> <span dir="ltr" style="color:#15c;text-decoration:none;vertical-align:bottom">assem_kmer-57_exp-44_covcutoff-auto_contigs.all.gff3</span></a></div>
<br><div class="gmail_drive_chip" style="width:396px;height:18px;max-height:18px;background-color:#f5f5f5;padding:5px;color:#222;font-family:arial;font-style:normal;font-weight:bold;font-size:13px;border:1px solid #ddd">
<a href="https://docs.google.com/file/d/0Byl5QhezwxYOYjBOWlVWMEJpTjQ/edit?usp=drive_web" target="_blank" style="display:inline-block;overflow:hidden;text-overflow:ellipsis;white-space:nowrap;text-decoration:none;padding:1px 0px;border:medium none;width:100%"><img style="vertical-align: bottom; border: none;" src="https://ssl.gstatic.com/docs/doclist/images/icon_10_generic_list.png"> <span dir="ltr" style="color:#15c;text-decoration:none;vertical-align:bottom">assem_kmer_57_utr.gff3</span></a></div>
<br></div>Thank you in advance for your help,<br><br></div>James<br><div><div><br></div></div></div>