<div><P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US style="FONT-FAMILY: 'Times New Roman','serif'"><FONT size=3>Hi Carson,<?xml:namespace prefix = "o" ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></FONT></SPAN></P><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 10.5pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman','serif'; mso-bidi-font-size: 11.0pt; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA">I run maker on my  genome with “keep_preds=1” or “keep_preds=0” respectively. When I manually check the results of maker in Integrative Genomics Viewer (IGV), I found most of the genes annotated by maker were good. But I also view some strange examples for the results. I don’t know how to inteprete these. hope you can give me some suggestions. please see the attached file.  thank you very  much.<BR><!--  -->best regards,<BR><!--  -->Huiquan<BR><!--  --></SPAN></QUARK_EDITOR_SIGN></div>