<div dir="ltr">Barry - I think you mean topaz instead of malachite?<div><br></div><div>svn co svn://<a href="http://topaz.genetics.utah.edu/SOBA/trunk">topaz.genetics.utah.edu/SOBA/trunk</a> SOBA<br></div><div><br></div></div>

<div class="gmail_extra"><br clear="all"><div>Jason Stajich<br><a href="mailto:jason@bioperl.org">jason@bioperl.org</a><br><a href="mailto:jason.stajich@gmail.com">jason.stajich@gmail.com</a><br><a href="http://bioperl.org/wiki/User:Jason">http://bioperl.org/wiki/User:Jason</a><br>

<a href="http://twitter.com/hyphaltip">http://twitter.com/hyphaltip</a></div>
<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Apr 29, 2013 at 10:59 AM, Barry Moore <span dir="ltr"><<a href="mailto:barry.moore@genetics.utah.edu" target="_blank">barry.moore@genetics.utah.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div style="word-wrap:break-word">Hi Eric,<div><br></div><div>There is a command line version of SOBA.  It does the same things as the web version and much more.  This page has some basic details:</div><div><br></div><div>

<a href="http://www.sequenceontology.org/resources/sobacl.html" target="_blank">http://www.sequenceontology.org/resources/sobacl.html</a></div><div><br></div><div>Ultimately you'll get it like this:</div><div><br></div>

<div><code>svn co <a>svn://malachite.genetics.utah.edu/SOBA/trunk</a> SOBA </code>
</div><div><br></div><div>Then run:</div><div><br></div><div>SOBA/bin/SOBAcl --help </div><div><br></div><div>For a lot of command line examples have a look in:</div><div><br></div><div>SOBA/t/sobacl_test.sh</div><div><br>

</div><div>B</div><div><div><div class="h5"><br><div><div>On Apr 29, 2013, at 9:58 AM, Ross, Eric wrote:</div><br><blockquote type="cite"><div>Does anyone have a good tool for yanking repeat statistics out of MAKER<br>gff files?<br>

<br>SOBA can give some basic stats, but it doesn't play well with my giant<br>files and I haven't figured out a way to run it locally.<br><br>For that matter does anyone have a script that will calculate SOBA like<br>

stats locally?  I'd rather avoid writing one myself if something else is<br>out there.<br><br>Thanks,<br><br>Eric<br><br>--<br>Eric Ross<br>Bioinformatic Specialist I<br>Alejandro Sánchez Alvarado Laboratory<br>Stowers Institute for Medical Research<br>

Howard Hughes Medical Institute<br><a href="mailto:ejr@stowers.org" target="_blank">ejr@stowers.org</a><br><br><br><br><br>_______________________________________________<br>maker-devel mailing list<br><a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>

<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br></div></blockquote></div><br></div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div>


<div><div style="font-family:Arial;font-size:12px">Barry Moore</div><div style="font-family:Arial;font-size:12px">Research Scientist</div><div style="font-family:Arial;font-size:12px">Dept. of Human Genetics</div><div style="font-family:Arial;font-size:12px">

University of Utah</div><div style="font-family:Arial;font-size:12px">Salt Lake City, UT 84112</div><div style="font-family:Arial;font-size:12px">--------------------------------------------</div><div style="font-family:Arial;font-size:12px">

<a href="tel:%28801%29%20585-3543" value="+18015853543" target="_blank">(801) 585-3543</a></div><div style="font-family:Arial;font-size:12px"><br></div></div><div><br></div><br>
</div>
<br></font></span></div></div><br>_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>