<div dir="ltr">Hi Carson,<div><br></div><div style>I used quitet mode, here's stderr (I only show one 'now starting the contig' msg). When I check maker master log upon restart by 'grep -ic finished master_log', all 'finished' tags were gone.</div>
<div style><br></div><div style><div>A data structure will be created for you at:</div><div>/home/yunfeiguo/projects/fish/scaffold/makerrun_2013_04_29/GapCloser-Nigro-Min1k.maker.output/GapCloser-Nigro-Min1k</div><div>_datastore</div>
<div><br></div><div>To access files for individual sequences use the datastore index:</div><div>/home/yunfeiguo/projects/fish/scaffold/makerrun_2013_04_29/GapCloser-Nigro-Min1k.maker.output/GapCloser-Nigro-Min1k</div><div>
_master_datastore_index.log</div><div><br></div><div>#---------------------------------------------------------------------</div><div>Now starting the contig!!</div><div>SeqID: scaffold105</div><div>Length: 8761</div><div>
#---------------------------------------------------------------------</div><div><br></div><div>...</div><div><div>MAKER WARNING: The file GapCloser-Nigro-Min1k.maker.output/GapCloser-Nigro-Min1k_datastore/C8/27/scaffold5690//theVoid.scaffold5690/scaffold5690.0.HumanUCSCProteins%2Efasta.blastx</div>
<div>did not finish on the last run and must be erased</div></div><div>...</div><div><div>ERROR: Could not open '/home/yunfeiguo/projects/fish/scaffold/makerrun_2013_04_29/GapCloser-Nigro-Min1k.maker.output/GapCloser-Nigro-Min1k_datastore/A4/F7/scaffold6034//theVoid.scaffold6034/scaffold6034.0.Srub%2Elib.specific.out'</div>
<div>ERROR: Failed while doing repeat masking</div><div>ERROR: Chunk failed at level:0, tier_type:1</div><div>FAILED CONTIG:scaffold6034</div><div><br></div><div>ERROR: Chunk failed at level:2, tier_type:0</div><div>FAILED CONTIG:scaffold6034</div>
</div><div>...</div></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 6, 2013 at 5:32 AM, Carson Holt <span dir="ltr"><<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank">carsonhh@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="font-size:14px;font-family:Calibri,sans-serif;word-wrap:break-word"><div>You would have to send me the captured STDERR.  MAKER will print out a number of messages whenever it restarts a contig, and will explain why it deletes any files before restarting.</div>
<div><br></div><div>Thanks,</div><div>Carson</div><div><br></div><div><br></div><span><div style="border-right:medium none;padding-right:0in;padding-left:0in;padding-top:3pt;text-align:left;font-size:11pt;border-bottom:medium none;font-family:Calibri;border-top:#b5c4df 1pt solid;padding-bottom:0in;border-left:medium none">
<span style="font-weight:bold">From: </span> Yunfei Guo <<a href="mailto:guoyunfei1989@gmail.com" target="_blank">guoyunfei1989@gmail.com</a>><br><span style="font-weight:bold">Date: </span> Friday, 3 May, 2013 12:33 PM<br>
<span style="font-weight:bold">To: </span> <<a href="mailto:maker-devel@yandell-lab.org" target="_blank">maker-devel@yandell-lab.org</a>><br><span style="font-weight:bold">Subject: </span> [maker-devel] maker doesn't pick up where it stopped<br>
</div><div><div class="h5"><div><br></div><div dir="ltr">Dear MAKER community,<div><br></div><div>I got a problem that maker doesn't pick up where it stopped last time, rather, it will discard all previous results.</div>
<div><br></div><div>command:</div><div>echo 'mpiexec -n 12 maker -q' | qsub -V -cwd -l h_vmem=2g -pe mpich 12<br></div><div>maker version:</div><div>2.26</div><div>mpich version:</div><div>1.5rc3</div><div>in maker_opts:</div>
<div><div>clean_try=0 #remove all data from previous run before retrying, 1 = yes, 0 = no</div><div>clean_up=0 #removes theVoid directory with individual analysis files, 1 = yes, 0 = no</div><div><br></div><div>
It never happened before. Any advice?</div><div><br></div><div>Thank you!</div><div><br></div><div>Yunfei</div></div></div></div></div>
_______________________________________________
maker-devel mailing list
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a>
</span></div>
</blockquote></div><br></div>