
<html>


<head>


<style><!--


.hmmessage P


{


margin:0px;


padding:0px


}


body.hmmessage


{


font-size: 12pt;


font-family:微软雅黑


}


--></style></head>


<body class='hmmessage'><div dir='ltr'>Hi,<br><br>I'm trying to use MAKER to annotate the new genome sequence which I assembled by myseft. I used TopHat and Cufflinks to align the sequence based on the RNA-seq we have. Based on the tutorial of MAKER, I may need three fasta format file including assembly data, ESTs and protein database to train the SNAP. I may use SwissProt as the protein database. Can I use the gtf result from Cufflinks directly as an ESTs during the training? <br>Another is, if I want to use Augustus to do the ab initio gene prediction, do I need to do the same way as SNAP? Cause I saw some posts that the result from ab initio would be used as the evidence to train the predictor. Can I ask is there has some order doing the prediction in different predictor?<br><br>Thank you so much for you help.<br><br>Lin<br>                                       </div></body>


</html>