
<html dir="ltr">

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>

</head>

<body ocsi="0" fpstyle="1">

<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hello, I am trying to use Maker to annotate genomes from different individuals of a population (D. melanogaster flies).<br>

<br>

My ultimate goal is to get, for each gene, the amino acid sequences of the coded proteins as they are expressed from each genome. My questions are:<br>

<br>

1) How can I match proteins predicted for the same gene in two genomes?<br>

<br>

2) What is the meaning of all the data in a line such as the following one (taken from the protein.fasta output)<br>

<br>

maker-2L-augustus-gene-0.19-mRNA-1 protein AED:0.0322873164323667 eAED:0.0322873164323667 QI:2|1|0.66|1|1|1|3|208|541<br>

<br>

3) If I include snap and augustus to improve protein predictions, I get several protein.fasta files: augustus_masked.proteins.fasta , snap_masked.proteins.fasta , non_overlapping_ab_initio.proteins.fasta , and proteins.fasta<br>

<br>

Which of these files contains the definite set of predicted protein sequences?<br>

<br>

<br>

Thanks in advance!<br>

<br>

Luciano<br>

</div>

</body>

</html>