<div dir="ltr">Maker Development Team, <div><br></div><div>I am trying to use Maker for re-annotation using  gene predictions from Augustus. We had previously used Augustus for gene prediction but now want to combine these annotations with some EST data. I updated fields maker_opts.ctl  as below</div>
<div><br></div><div>genome=CGS01058.fasta #genome sequence file in fasta format</div><div>est_gff=EST2Scaffold.gff3 # ESTs mapped to CGS01058.fasta using BLAT</div><div>pred_gff=Augustus.gff3 #ab-initio predictions from<br>
</div><div><div>other_gff=Promoters.gff3 #promoter annotations</div><div>other_gff=CpG_Islands.gff3 # CpG island annotations</div></div><div><br></div><div style>Maker runs to completion and according to the log file annotation was successful. However, it also gives a "Segmentation fault (core dumped)" message. It does produce a GFF3 file but when I load the GFF3 file into IGV and look it does not contain any of the exon definitions in Augustus.gff3. Am I missing something? </div>
<div style><br></div><div style>Regards, </div><div style>Getiria</div><div><div><br></div>-- <br>Getiria Onsongo, Ph.D.<br>Informatics Analyst, Research Informatics Support System<br>Minnesota Supercomputing Institute for Advanced Computational Research<br>
University of Minnesota<br>Minneapolis, MN 55455<br>Phone: 612-624-0532
</div></div>