<div dir="ltr">No. The MAKER produced GFF3 file does not contain any annotations. I even tried setting the keep_preds parameter to 1 (keep_preds=1) to see if it will pass annotations from the Augustus produced GFF file into the final annotation but that didn't work. I have attached the <span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">maker_opts.ctl file I used together with the first 100 lines of the GFF files it's using. I also include the GFF file produced by MAKER (</span><span style="background-color:rgb(245,245,245);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;font-weight:bold;white-space:nowrap">CGS01058First100.gff)</span><div>
<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 21, 2013 at 10:43 PM, Barry Moore <span dir="ltr"><<a href="mailto:barry.utah@gmail.com" target="_blank">barry.utah@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi Getiria,<div><br></div><div>Does the MAKER produced GFF3 file contain any annotations at all?  Can you send the first ~100 lines each of the MAKER produced GFF3 file and of the GFF3 files that you passed via maker_opts.ctl?<div>
<br></div><div>B</div><div><br><div><div><div class="h5"><div>On May 21, 2013, at 9:58 AM, Innocent Onsongo wrote:</div><br></div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5"><div dir="ltr">Maker Development Team, <div>
<br></div><div>I am trying to use Maker for re-annotation using  gene predictions from Augustus. We had previously used Augustus for gene prediction but now want to combine these annotations with some EST data. I updated fields maker_opts.ctl  as below</div>

<div><br></div><div>genome=CGS01058.fasta #genome sequence file in fasta format</div><div>est_gff=EST2Scaffold.gff3 # ESTs mapped to CGS01058.fasta using BLAT</div><div>pred_gff=Augustus.gff3 #ab-initio predictions from<br>

</div><div><div>other_gff=Promoters.gff3 #promoter annotations</div><div>other_gff=CpG_Islands.gff3 # CpG island annotations</div></div><div><br></div><div>Maker runs to completion and according to the log file annotation was successful. However, it also gives a "Segmentation fault (core dumped)" message. It does produce a GFF3 file but when I load the GFF3 file into IGV and look it does not contain any of the exon definitions in Augustus.gff3. Am I missing something? </div>

<div><br></div><div>Regards, </div><div>Getiria</div><div><div><br></div>-- <br>Getiria Onsongo, Ph.D.<br>Informatics Analyst, Research Informatics Support System<br>Minnesota Supercomputing Institute for Advanced Computational Research<br>

University of Minnesota<br>Minneapolis, MN 55455<br>Phone: <a href="tel:612-624-0532" value="+16126240532" target="_blank">612-624-0532</a>
</div></div></div></div><div class="im">
_______________________________________________<br>maker-devel mailing list<br><a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br><a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
</div></blockquote></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><div>
<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;text-align:auto;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div>
<span style="font-family:Arial;font-size:12px"><div>Barry Moore</div><div>Research Scientist</div><div>Dept. of Human Genetics</div><div>University of Utah</div><div>Salt Lake City, UT 84112</div><div>--------------------------------------------</div>
<div><a href="tel:%28801%29%20585-3543" value="+18015853543" target="_blank">(801) 585-3543</a></div><div><br></div></span></div><div><br></div></span><br>
</div>
<br></font></span></div></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Getiria Onsongo, Ph.D.<br>Informatics Analyst, Research Informatics Support System<br>Minnesota Supercomputing Institute for Advanced Computational Research<br>
University of Minnesota<br>Minneapolis, MN 55455<br>Phone: 612-624-0532
</div>