<div dir="ltr"><div><div><div><div>Greetings!<br><br></div>I have some precomputed transcript and protein alignments that I would like to use with Maker. I have converted them into GFF3 format (see attached examples) and provided them to their corresponding entries (est_gff, altest_gff, protein_gff) in the maker_opts.ctl file.<br>


<br></div>Unfortunately, Maker seems to be getting caught up on processing these GFF3 files. I've tried running Maker 2.10 as well as the development version (checked out a few months ago--svn server isn't responding so I can't give a precise revision number), and in both cases Maker hangs while trying to create the GFF3 database. These are the last lines I see in STDERR when <b>--debug</b> is set.<br>


<br><div style="margin-left:40px"><span style="font-family:courier new,monospace">STATUS: Setting up database for any GFF3 input...</span><br><span style="font-family:courier new,monospace">Calling GFFDB::new at /N/u/dstandag/Mason/local/src/maker-dev/bin/maker line 587.</span><br>


</div><br></div>I can't find any documentation specifying any explicit requirements for the alignment-containing GFF3 input files. Maker output uses the pretty canonical <b>expressed_sequence_match</b>, <b>protein_match</b>, and <b>match_part</b> features for encoding alignments, and I have used this convention with my input (see attached examples). I have also double-checked that my examples are valid GFF3, so my guess is that Maker has additional constraints/expectations for certain fields in the GFF3 files (score column? required attributes?). Is this correct, and if so would you be able to point me toward any related documentation I may have missed?<br>

<br></div>Many thanks.<br clear="all"><div><div><div><div><div><div><br>--<br>Daniel S. Standage<br>Ph.D. Candidate<br>Bioinformatics and Computational Biology Program<br>Department of Genetics, Development, and Cell Biology<br>


Iowa State University<br></div>
</div></div></div></div></div></div>