<div dir="ltr">I was able to successfully ran Maker and now want to c<span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:13px;line-height:19px">onverts the gene prediction match/match_part format to annotation gene/mRNA/exon/CDS format. I looked at the tutorial and the script </span><span style="background-color:rgb(249,249,249);color:rgb(0,0,0);font-family:'Lucida Console',Monaco,'Courier New',Courier,monospace;font-size:13px;line-height:19px">gff3_preds2models</span><div style>
<span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:13px;line-height:19px">is supposed to do this conversion. How do I access this script. It is not in </span>/maker/2.28-beta/bin/<br></div><div style><br></div>
<div style>Also, in running <span style="background-color:rgb(249,249,249);color:rgb(0,0,0);font-family:'Lucida Console',Monaco,'Courier New',Courier,monospace;font-size:13px;line-height:19px">gff3_preds2models <gff3 file> <pred list> </span> is <<span style="background-color:rgb(249,249,249);color:rgb(0,0,0);font-family:'Lucida Console',Monaco,'Courier New',Courier,monospace;font-size:13px;line-height:19px">pred list> the file I used for </span><span style="background-color:rgb(249,249,249);color:rgb(0,0,0);font-family:'Lucida Console',Monaco,'Courier New',Courier,monospace;font-size:13px;line-height:19px">pred_gff=? </span></div>
<div style><span style="background-color:rgb(249,249,249);color:rgb(0,0,0);font-family:'Lucida Console',Monaco,'Courier New',Courier,monospace;font-size:13px;line-height:19px"><br></span></div><div style>Long story short, how do I transform the GFF output from Maker to the more traditional annotation of exon/intron? <br>
</div><div style><br></div><div style><span style="background-color:rgb(249,249,249);color:rgb(0,0,0);font-family:'Lucida Console',Monaco,'Courier New',Courier,monospace;font-size:13px;line-height:19px">Thanks,  </span></div>
<div style>Getiria</div></div>