Dear maker developers,<div><br></div><div>I am currently annotating a de novo fish genome, and have started looking for genes of interest in particular in Maker's output to verify that it's outputting proper gene sets.</div>
<div><br></div><div>While many of the genes I look for seem to be correctly annotated by the pipeline, I have noticed that important genes that do have strong evidentiary support but are monoexonic are NOT reported by maker. </div>
<div><br></div><div>I am attaching a screenshot for the contig that I know should contain the <i>Foxl2</i> gene (notoriously monoexonic across evolution), and highlighted the corresponding evidence for it.</div><div><br></div>
<div>Is there any setting I can give to maker to force it to output monoexonic genes ? I already set "single_exon=1" with no success. I attached my config file FYI.</div><div><br></div><div>Thank you so much in advance for your answer !!!</div>
<div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Berenice.</div><div>-- <br><font>Bérénice A. BENAYOUN, Ph.D.</font><br>
Stanford University/Genetics Department<br><i>BRUNET Laboratory</i>, 'Molecular Basis of Longevity and Age Related Diseases'<br>
M312 Alway Building<br>
300, Pasteur Drive<br><span>MC 5120 <br>
Stanford, CA 94305-5120</span><br>USA<br>
Email: <a href="mailto:benayoun@stanford.edu" target="_blank">benayoun@stanford.edu</a><br>
Web: <a href="http://www.stanford.edu/group/brunet/" target="_blank">www.stanford.edu/group/brunet/</a><a href="http://www.stanford.edu/group/brunet/" target="_blank"></a>
</div>