<div dir="ltr">Hi Carson and Robert,<div><br></div><div style>Thank you for your feedback on this!  Carson, could you describe the set up a little more?  For instance, are you running the script in a specific location in the JBrowse directory?  I seem to be running into the same problem as Robert.</div>
<div style><br></div><div style>Best,</div><div style>Val</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jul 3, 2013 at 11:02 AM, Carson Holt <span dir="ltr"><<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank">carsonhh@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I think you may not have it set up right.  If you run the example data,<br>
you can then use that.  For me it populates the JSON data tracks<br>
information, but nothing displays.  I think the problem is with the maker<br>
genome.css.  It is very out of date.  I'll do some work on it and then get<br>
your feedback.<br>
<br>
Thanks,<br>
Carson<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
<br>
On 7/3/13 11:45 AM, "Robert Buels" <<a href="mailto:rbuels@gmail.com">rbuels@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
>After looking at the maker2jbrowse source (thanks for giving me access),<br>
>there seems to be some kind of problem with the way maker2jbrowse is<br>
>parsing the MAKER datastore index, leading to the script complaining of<br>
>'no track information'.<br>
><br>
>This would probably be easier for a MAKER developer to look into.<br>
><br>
><br>
>Robert Buels<br>
>Lead Developer<br>
>JBrowse - <a href="http://jbrowse.org" target="_blank">http://jbrowse.org</a><br>
><br>
>On 07/02/2013 12:27 PM, Carson Holt wrote:<br>
>> The Jbrowse codebase tends to undergo very rapid alteration (much of<br>
>> which is not backwards compatible with other Jbrowse versions), as a<br>
>> result the script maker2jbrowse has had to evolve with Jbrowse (and will<br>
>> not work with all versions).  I'm not sure if the script is currently<br>
>> behind or ahead of Jbrowse version 1.9.3 (I'm guessing behind). I can<br>
>> have it working with whatever the most current repository is if you were<br>
>> to give me a week, or you can try loading the GFF3's using Jbrowse's own<br>
>> loader (tutorial here --> <a href="http://gmod.org/wiki/JBrowse_Tutorial_2012" target="_blank">http://gmod.org/wiki/JBrowse_Tutorial_2012</a>).<br>
>>   Of course this tutorial is also likely to be somewhat out of date<br>
>> :-( But the 2013 version is supposed to be up and running as part of<br>
>> this years GMOD summer school in ~3 weeks.  They use MAKER generated<br>
>> data for the tutorial, so it should be relevant to what you are doing.<br>
>><br>
>> Thanks,<br>
>> Carson<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> From: V Wong <<a href="mailto:vwong@umn.edu">vwong@umn.edu</a> <mailto:<a href="mailto:vwong@umn.edu">vwong@umn.edu</a>>><br>
>> Reply-To: <<a href="mailto:vwong@umn.edu">vwong@umn.edu</a> <mailto:<a href="mailto:vwong@umn.edu">vwong@umn.edu</a>>><br>
>> Date: Tuesday, July 2, 2013 11:38 AM<br>
>> To: <<a href="mailto:maker-devel@yandell-lab.org">maker-devel@yandell-lab.org</a> <mailto:<a href="mailto:maker-devel@yandell-lab.org">maker-devel@yandell-lab.org</a>>><br>
>> Subject: [maker-devel] maker2jbrowse implementation<br>
>><br>
>> Hi Maker team,<br>
>><br>
>> I'm trying to get Maker output into JBrowse (version 1.9.3) on our<br>
>> server, using the -d option for the index.log file.  However, I am<br>
>> getting this error for each contig:<br>
>><br>
>> ERROR: No track information for source<br>
>> 'AK_assembly_datastore/22/D4/AK_contig_1/'<br>
>><br>
>> Looking at the perl script, the file locations are getting read, but<br>
>> then the tracks aren't getting found in the hash of commands.<br>
>><br>
>> Any advice for getting past this will be most appreciated.  Thank you!<br>
>><br>
>> Best,<br>
>> Val<br>
>> _______________________________________________ maker-devel mailing list<br>
>> <a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com">maker-devel@box290.bluehost.com</a> <mailto:<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com">maker-devel@box290.bluehost.com</a>><br>
>> <a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
>><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> maker-devel mailing list<br>
>> <a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
>> <a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
>><br>
<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>