Hi maker development team,<br><div class="gmail_quote"><div><br></div><div>sorry to bother you again.</div><div><br></div><div>I was going through the results, and it seems I have a number of contigs that are consistently failing during the annotation of my genome</div>

<div>(eg, in the log, I find something like "GapFilledScaffold_3308<span style="white-space:pre-wrap">       </span>maker_folder_June27_datastore/0E/FF/GapFilledScaffold_3308/<span style="white-space:pre-wrap">     </span>FAILED", and no annotation gets outputted). </div>

<div><br></div><div>No matter how many times I retry their annotation, they start then fail during. Most of the contigs in my assembly still make it through the pipeline.</div><div><br></div><div>Do you have any idea on why some contigs fails for annotation or any advice on what to do to force maker to produce an output on these ? Is there anything I can do to bypass this issue?</div>

<div><br></div><div>Thanks so much in advance for your insights on this issue!</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Berenice<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br clear="all"><div><br></div></font></span></div>
</div><div><br></div>-- <br><font>Bérénice A. BENAYOUN, Ph.D.</font><br>
Stanford University/Genetics Department<br><i>BRUNET Laboratory</i>, 'Molecular Basis of Longevity and Age Related Diseases'<br>
M312 Alway Building<br>
300, Pasteur Drive<br><span>MC 5120 <br>
Stanford, CA 94305-5120</span><br>USA<br>
Email: <a href="mailto:benayoun@stanford.edu" target="_blank">benayoun@stanford.edu</a><br>
Web: <a href="http://www.stanford.edu/group/brunet/" target="_blank">www.stanford.edu/group/brunet/</a><a href="http://www.stanford.edu/group/brunet/" target="_blank"></a>