<div dir="ltr">Maker Developers, <div><br></div><div>I am testing Maker on a well annotated contig from the encode project and in one of the genes, maker does not output an exon despite HSPs supporting it. I have attached a compressed folder with</div>
<div><br></div><div>ENr122_genes.gff: The validated genes as per encode</div><div>ENr122.gff: Makers output</div><div>maker_opts.ctl: The control file I used</div><div>ENr122_98669-134249.pptx: A power point visually illustrated the exon in question. </div>
<div><br></div><div>I even set the parameters est2genome and protein2genome to 1 but still Maker did not output this exon. </div><div><br></div><div style>Is there a good reason Maker does no have this exon in its final model despite the HSPs supporting it? </div>
<div><div><br></div><div style>Thanks, </div><div style>Getiria</div><div><br></div>-- <br>Getiria Onsongo, Ph.D.<br>Informatics Analyst, Research Informatics Support System<br>Minnesota Supercomputing Institute for Advanced Computational Research<br>
University of Minnesota<br>Minneapolis, MN 55455<br>Phone: 612-624-0532
</div></div>