<div dir="ltr">Ah, I just had some syntax inconsistencies between the file locations on the server and the path for the web browser.  Thank you Rob!<div><br></div><div>Best,</div><div>Val</div></div><div class="gmail_extra">
<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 15, 2013 at 2:54 PM, Robert Buels <span dir="ltr"><<a href="mailto:rbuels@gmail.com" target="_blank">rbuels@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div class="im">On 07/15/2013 01:57 PM, V Wong wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
I tried adding an Alignment2 track in the format of the example to the<br>
browser with Maker tracks (those get viewed fine), but I am getting the<br>
error "404 (Not found) when attempting to fetch ...[bam.bai file]" even<br>
though the specified file is in that location.<br>
</blockquote>
<br></div>
If you visit that URL in your browser, is the bai file really there?<br>
<br>
If so, is the BAI file on a different server from the one you're running JBrowse on?  If so, you'll need to enable CORS on the server for the BAI and BAM files.<br>
<br>
Rob<br>
</blockquote></div><br></div>