<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi Carson,<br><br></div>Thanks a lot for your information. When I run './Build status', it shows as below and looks like MPI SUPPORT is enabled.<br><br>==============================================================================<br>
STATUS MAKER 2.27<br>==============================================================================<br>PERL Dependencies:      VERIFIED<br>External Programs:      VERIFIED<br>External C Libraries:   VERIFIED<br>MPI SUPPORT:            ENABLED<br>
MWAS Web Interface:     DISABLED<br>MAKER PACKAGE:          CONFIGURATION OK<br><br></div>But when I run 'which mpiexec' it shows "/N/soft/mason/openmpi/1.5.4/gcc/bin/mpiexec". So I think I did not use the correct version of mpiexec while running my MAKER job. Thanks again. I will try my MAKER job again with the correct mpiexec from mpich2. <br>
<br></div>Best<br><br></div>LW<br><div><div><div> <br></div></div></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div>____________________________________________<br><br>Le-Shin Wu<br>Center for Computational Cytomics, Indiana University<br>
<a href="http://www.cs.indiana.edu/~lewu">http://www.cs.indiana.edu/~lewu</a><br>____________________________________________</div>
<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 18, 2013 at 4:27 PM, Carson Holt <span dir="ltr"><<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank">carsonhh@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
It means either maker as not properly configured for MPI support, or the<br>
communication ring is not launching properly.<br>
<br>
Three things:<br>
1. In the .../maker/src/ directory, run './Build status'. Does it say<br>
MPI_SUPPORT is configured or installed?<br>
2. Run 'which mpiexec' on the command line?  What is the path?  Is is<br>
MPICH2 mpiexec, or OpenMPI, or something else?<br>
3. Run 'mpiexec -n 64 -hostfile $PBS_NODEFILE hostname' on the command<br>
line.  What does it print out?<br>
<br>
Thanks,<br>
Carson<br>
<div><div class="h5"><br>
<br>
On 9/18/13 1:35 PM, "Le-Shin Wu" <<a href="mailto:leshin@gmail.com">leshin@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
>Hi,<br>
><br>
>I am new to MAKER and just started to use MAKER for doing some genome<br>
>annotations. I compiled MAKER package with mpi-supported configuration on<br>
>our cluster. But when I used "mpiexec -n 64 -hostfile $PBS_NODEFILE maker<br>
>maker_opts.ctl maker_bopts.ctl maker_exe.ctl" command to run my MPI MAKER<br>
>job, I got whole bunch of warring message as shown below in my error log<br>
>file. I wonder is there anything wrong with this warring message? Thank<br>
>you. (I request 64 processors on two nodes)<br>
><br>
>STATUS: Processing and indexing input FASTA files...<br>
>WARNING: Multiple MAKER processes have been started in the<br>
>same directory.<br>
><br>
><br>
>Best<br>
><br>
>LW<br>
</div></div>>_______________________________________________<br>
>maker-devel mailing list<br>
><a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
><a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
<br>
<br>
</blockquote></div><br></div>