<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I have a question regarding the use of Exonerate for cDNA alignment to genomic scaffolds through Maker.</div><div><br></div><div>We first did a blastn search to find out which genomic scaffolds a cDNA sequence aligns to. There are two scaffolds we figured that host the gene of interest. So we picked these two scaffolds as the reference genome sequence in the maker_opts.ctl file. I used the default settings in maker_bopts.ctl. In the maker_exe.ctl file, the Ab-initio Gene Prediction Algorithms section has only snap installed. In the maker_opts.ctl file, I indicated the path to the EST sequence right after "est=" under EST Evidence, skipped RepeatMasker (when included, only the repeat masking information was shown in the GFF files) to only do the blast and exonerate, set "est2genome=1" and left other options at default. In the directory where we put the Maker output (the control files are all in this directory), I ran the Maker pipeline using "<path_to_maker> maker_opts.ctl maker_bopts.ctl maker_exe.ctl". It turned out that there is no alignment information in the scaffold GFF3 file, just a plain figure indicating that the scaffold is a contig. Then I tried to use the entire genome scaffold set as the reference genome and reran the pipeline, still getting the same results in terms of the Exonerate alignments. Please see the example of a GFF3 file generated:</div>
<div><br></div><div><div>##gff-version 3</div><div>scaffold3928    .       contig  1       172176  .       .       .       ID=scaffold3928;Name=scaffold3928</div><div>###</div><div>##FASTA</div><div>>scaffold3928</div>
</div><div><scaffold_sequence_omitted></div><div><br></div><div>What do I need to adjust to get the alignment information into the GFF file so I can upload into a genome browser as tracks?</div><div><br></div><div>Thank you very much for considering my inquiry.</div>
<div><br></div><div>Sincerely,</div><div><br></div><div>Xin Huang</div></div>