<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">I found a very bizarre thing when I ran Maker several times. The blastn research seems to reverse query and subject the way it's specified in the maker_opts.ctl file. When I put the scaffold sequence after genome= and the cDNA sequence after est=, the blastn result actually used the scaffold as query and the cDNA as subject. I realized that this sounds unreal, so I reversed the places for the two and the blastn result is normal with the cDNA as query and the scaffold as subject, but at the same time, the GFF file is of the cDNA sequence. I tried a few times, and got the same result. I deleted Maker (2.28) and reinstalled the beta version (2.30), still getting the same result.</span><br>
</div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">My wild guess was that this might be the reason why the est2genome prediction using the EST sequence didn't go into the GFF3 file, as stated in a previous email to the Maker-devel. I couldn't figure out how to test this, though. I wonder if there's anything dramatically wrong that I've been doing to get such odd results... If you'd like me to send you any output files or control files, please let me know and I'll promptly pass those along.</span></div>
<div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Thank you very much for considering my email.</span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>
</span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Sincerely,</span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Xin Huang</span></div>
</div>