<div dir="ltr">1) MAKER prefers match/match_part but should be able to handle any two level feature or even gene/mRNA/exon/CDS features.  Make sure it's infact GFF3 and not GTF or GFF2.<div><br></div><div>2) MAKER builds it's own hints based on the evidence alignments it finds, providing user generated hint files is not supported.  If you already have those, you can just run augustus directly, since one of the the main benefit of MAKER is that it finds the hints for you and you would no longer need that.</div>
<div><br></div><div>Perhaps you can give more details on what exactly you are trying to do, and we could help you configure MAKER.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Carson</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra">
<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 5, 2013 at 1:55 AM, Marc P. Hoeppner <span dir="ltr"><<a href="mailto:marc.hoeppner@imbim.uu.se" target="_blank">marc.hoeppner@imbim.uu.se</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi,<br>
<br>
this is possibly a trivial question, but I am realizing that Maker does not seem to process augustus files I have produced externally (augustus 2.7); at least they don't seem to make it into the final annotation file.<br>

<br>
My question(s) therefore:<br>
<br>
1) What exact GFF features does maker expect for a 'pred_gff' file? Would it happily accept an augustus gff, or would I need to modify the native augustus features somehow? (Trying to find out whether this is a Maker issue or some other problem)<br>

<br>
2) Is there a way to feed hint files to Maker to use with augustus? Couldn't find anything about that specifically anyway.<br>
<br>
Regards,<br>
<br>
Marc<br>
<br>
-- <br>
-----------<br>
Marc P. Hoeppner, PhD<br>
Researcher<br>
Department of Medical Biochemistry and Microbiology<br>
Uppsala University, Sweden<br>
<a href="mailto:marc.hoepner@imbim.uu.se" target="_blank">marc.hoepner@imbim.uu.se</a><br>
<br>
<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.<u></u>com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/<u></u>mailman/listinfo/maker-devel_<u></u>yandell-lab.org</a><br>
</blockquote></div><br></div>