
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">

<style type="text/css" id="owaParaStyle" style="display: none; ">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>

</head>

<body dir="ltr" fpstyle="1" aria-label="Message body" tabindex="0" style="">

<div name="divtagdefaultwrapper" id="divtagdefaultwrapper" style="font-family: Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size: 12pt; color: #000000; margin: 0">

Hello,

<div><br>

</div>

<div>I am attempting to annotate a small section of an arthropod genome. I ran Maker on the command line and the results showed only repetitive regions recognized by Repeat Masker -- no predicted ORFs. I submitted my scaffold through the web interface and got

 the same results.</div>

<div><br>

</div>

<div>I know that there are genes present on this scaffold and when I run it through Augustus there are 13 ORFs predicted.</div>

<div><br>

</div>

<div>Are there some options that I need to adjust to get <i>ab initio</i> gene predictions from Maker?</div>

<div><br>

</div>

<div><br>

</div>

<div>Thank you,</div>

<div><br>

</div>

<div>Kerry Gendreau</div>

<div>Graduate Student, Dept. of Biological Sciences</div>

<div>University of Massachusetts Lowell</div>

</div>

</body>

</html>