<div dir="ltr">Hi,<div>I updated our version of Maker today and I'm running into issues... I'm getting the following error message (it's LONG, so this is just the top bit):<br><br></div><div><div><span class="" style="white-space:pre">   </span>Process::MpiChunk::__ANON__() called at /usr/local/pkg/maker/lib/Error.pm line 415</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>eval {...} called at /usr/local/pkg/maker/lib/Error.pm line 407</div><div><span class="" style="white-space:pre">    </span>Error::subs::try(CODE(0x1f8c7430), HASH(0x1f955ed0)) called at /usr/local/pkg/maker/lib/Process/MpiChunk.pm line 4165</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>Process::MpiChunk::_go(Process::MpiChunk=HASH(0x1f8b4b80), "load", HASH(0x1f8b4960), 0, 0) called at /usr/local/pkg/maker/lib/Process/MpiChunk.pm line 316</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>Process::MpiChunk::_loader(Process::MpiChunk=HASH(0x1f8b4b80), HASH(0x1f8b4960), 0, 0, Process::MpiTiers=HASH(0x1f8b47c0)) called at /usr/local/pkg/maker/lib/Process/MpiTiers.pm line 364</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>Process::MpiTiers::__ANON__() called at /usr/local/pkg/maker/lib/Error.pm line 415</div><div><span class="" style="white-space:pre"> </span>eval {...} called at /usr/local/pkg/maker/lib/Error.pm line 407</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>Error::subs::try(CODE(0x1f895dd0), HASH(0x1f8c7130)) called at /usr/local/pkg/maker/lib/Process/MpiTiers.pm line 375</div><div><span class="" style="white-space:pre">       </span>Process::MpiTiers::_load_chunks(Process::MpiTiers=HASH(0x1f8b47c0)) called at /usr/local/pkg/maker/lib/Process/MpiTiers.pm line 185</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>Process::MpiTiers::next_chunk(Process::MpiTiers=HASH(0x1f8b47c0)) called at /usr/local/pkg/maker/lib/Process/MpiTiers.pm line 816</div><div><span class="" style="white-space:pre">  </span>Process::MpiTiers::_handler(Process::MpiTiers=HASH(0x1f8b47c0), Error::Simple=HASH(0x1f895970), "Failed in tier preparation") called at /usr/local/pkg/maker/lib/Process/MpiTiers.pm line 78</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>Process::MpiTiers::__ANON__(Error::Simple=HASH(0x1f895970), SCALAR(0x1d6018c0)) called at /usr/local/pkg/maker/lib/Error.pm line 339</div><div><span class="" style="white-space:pre">       </span>eval {...} called at /usr/local/pkg/maker/lib/Error.pm line 329</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>Error::subs::run_clauses(HASH(0x1f91cbd0), "Can't call method \"get_Seq_by_id\" on an undefined value at /u"..., undef, ARRAY(0x1d614c50)) called at /usr/local/pkg/maker/lib/Error.pm line 426</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>Error::subs::try(CODE(0x1f8c7480), HASH(0x1f91cbd0)) called at /usr/local/pkg/maker/lib/Process/MpiTiers.pm line 79</div><div><span class="" style="white-space:pre">        </span>Process::MpiTiers::_prepare(Process::MpiTiers=HASH(0x1f8b47c0)) called at /usr/local/pkg/maker/lib/Process/MpiTiers.pm line 56</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>Process::MpiTiers::new("Process::MpiTiers", HASH(0x1cd3e520), 0, "Process::MpiChunk") called at /usr/local/bin/maker line 259</div><div><br></div><div>
FATAL ERROR</div><div>ERROR: Failed while examining contents of the fasta file and run log</div><div><br></div><div>FATAL ERROR</div><div><br></div><div>FATAL ERROR</div><div>ERROR: Can not load chunks</div><div>WARNING: You must always set a rank before running MpiTiers</div>
<div>FATAL: argument `out_dir` does not exist in MpiTier object</div></div><div><br></div><div><br></div><div>I found another thread in the mailing list with the same error message and tried the advice there, but to no avail... <a href="http://gmod.827538.n3.nabble.com/Can-map2assembly-be-run-outside-the-maker-pipeline-tt4032901.html#a4032997">http://gmod.827538.n3.nabble.com/Can-map2assembly-be-run-outside-the-maker-pipeline-tt4032901.html#a4032997</a><br>
<br><br>I am running Maker with Snap and Augustus, using RNAseq-derived EST evidence and gene models from a close relative. Any advice would be much appreciated, as I'm rather desperate to get this up and running...</div>
<div><br></div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Emily</div></div>