<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Hello</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br>I am using Maker to annotate a genome for which I only have EST data and some protein data. I ran Maker once using this EST and protein data (est2genome=1, protein2genome=1). I had the Maker output. I combined all the GFF files for all the contigs. I used the combined GFF file to train SNAP which gave me a .hmm file. Now I modified the Maker opts control file. I provided the hmm file in snap_hmm. I set est2genome=0 and protein2genome=0. I ran Maker again assuming that now I have trained the gene predictor and I would have better annotations. But now the output file that I get does not have Maker annotation. I have attached the control files and the output file for the re-run so you can have a look and let me know what I am doing wrong in order to re-annotate the genome using the output from the previous run. </div>

<div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br>Sanea</div></div>