<div dir="ltr"><div>Hello,<br><br></div>I have finished installing MAKER marked by "PERL Dependencies: INSTALLED, External Programs: INSTALLED, MPI SUPPORT: NOT CONFIGURED,<br>MAKER: INSTALLED" and it seems everything's fine. I'm using MAKER 2.10 and I have followed the installation instructions both in its corresponding "README" and "INSTALL" files and the 2012 GMOD MAKER Tutorial. After editing the three configuration files and run with "maker", I saw the following error in my terminal. I have searched Google and tried the solutions offered there but the error is still showing. Below is the error I got:<br>
<br><div><div><br>Can't locate package GDBM_File for @AnyDBM_File::ISA at /usr/lib/perl/5.14/DB_File.pm line 287.<br>Can't locate package NDBM_File for @AnyDBM_File::ISA at /usr/lib/perl/5.14/DB_File.pm line 287.<br>
Can't locate package SDBM_File for @AnyDBM_File::ISA at /usr/lib/perl/5.14/DB_File.pm line 287.<br>A data structure will be created for you at:<br>/home/cexzurjimenezjr/Documents/data/dpp_contig.maker.output/dpp_contig_datastore<br>
<br>To access files for individual sequences use the datastore index:<br>/home/cexzurjimenezjr/Documents/data/dpp_contig.maker.output/dpp_contig_master_datastore_index.log<br><br><br><br><br>--Next Contig--<br><br>#---------------------------------------------------------------------<br>
Now starting the contig!!<br>SeqID: contig-dpp-500-500<br>Length: 32156<br>#---------------------------------------------------------------------<br><br><br>running  repeat masker.<br>#--------- command -------------#<br>
Widget::RepeatMasker:<br>/usr/local/maker/exe/RepeatMasker/RepeatMasker /home/cexzurjimenezjr/Documents/data/dpp_contig.maker.output/dpp_contig_datastore/05/1F/contig-dpp-500-500//theVoid.contig-dpp-500-500/contig-dpp-500-500.0.all.rb -species all -dir /home/cexzurjimenezjr/Documents/data/dpp_contig.maker.output/dpp_contig_datastore/05/1F/contig-dpp-500-500//theVoid.contig-dpp-500-500 -pa 1<br>
#-------------------------------#<br>Building general libraries in: /usr/local/maker/exe/RepeatMasker/Libraries/20120418/general<br>RepeatMasker::createLib(): Error invoking /usr/local/blast/bin/makeblastdb on file /usr/local/maker/exe/RepeatMasker/Libraries/20120418/general/at.lib.<br>
ERROR: RepeatMasker failed<br><br>FATAL ERROR<br>ERROR: Failed while doing repeat masking!!<br><br>ERROR: Chunk failed at level 2<br>!!<br>FAILED CONTIG:contig-dpp-500-500<br><br><br><br><br>--Next Contig--<br><br>Processing run.log file...<br>
MAKER WARNING: The file dpp_contig.maker.output/dpp_contig_datastore/05/1F/contig-dpp-500-500//theVoid.contig-dpp-500-500/contig-dpp-500-500.0.all.rb.out<br>did not finish on the last run and must be erased<br>#---------------------------------------------------------------------<br>
Now retrying the contig!!<br>SeqID: contig-dpp-500-500<br>Length: 32156<br>Retry: 1!!<br>#---------------------------------------------------------------------<br><br><br>running  repeat masker.<br>#--------- command -------------#<br>
Widget::RepeatMasker:<br>/usr/local/maker/exe/RepeatMasker/RepeatMasker /home/cexzurjimenezjr/Documents/data/dpp_contig.maker.output/dpp_contig_datastore/05/1F/contig-dpp-500-500//theVoid.contig-dpp-500-500/contig-dpp-500-500.0.all.rb -species all -dir /home/cexzurjimenezjr/Documents/data/dpp_contig.maker.output/dpp_contig_datastore/05/1F/contig-dpp-500-500//theVoid.contig-dpp-500-500 -pa 1<br>
#-------------------------------#<br>Building general libraries in: /usr/local/maker/exe/RepeatMasker/Libraries/20120418/general<br>RepeatMasker::createLib(): Error invoking /usr/local/blast/bin/makeblastdb on file /usr/local/maker/exe/RepeatMasker/Libraries/20120418/general/at.lib.<br>
ERROR: RepeatMasker failed<br><br>FATAL ERROR<br>ERROR: Failed while doing repeat masking!!<br><br>ERROR: Chunk failed at level 2<br>!!<br>FAILED CONTIG:contig-dpp-500-500<br><br><br><br><br>--Next Contig--<br><br>Processing run.log file...<br>
MAKER WARNING: The file dpp_contig.maker.output/dpp_contig_datastore/05/1F/contig-dpp-500-500//theVoid.contig-dpp-500-500/contig-dpp-500-500.0.all.rb.out<br>did not finish on the last run and must be erased<br><br><br>Maker is now finished!!!<br>
<br><br></div><div>Can you state to me the error and what part of the installation did I go wrong? Your help will be very much appreciated. Thank you.<br><br></div><div>Attached herein are configuration files I used for MAKER.<br>
<br><br></div><div>Sincerely,<br><br></div><div>CJ<br></div><div><br></div></div></div>