
<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><ul><li><font face="Calibri,sans-serif"><li>maker_map_ids - Build shorter IDs/Names for MAKER genes and transcripts following the NCBI suggested naming format.</li><li>map_fasta_ids - Maps short IDs/Names generated by maker_map_ids to MAKER fasta files.</li><li>map_gff_ids - Maps short IDs/Names generated by maker_map_id to MAKER GFF3 files, old IDs/Names are mapped to to the Alias attribute.</li></font></li><li><font face="Calibri,sans-serif">maker_functional_fasta - Maps putative functions identified from BLASTP against UniProt/SwissProt to the MAKER produced transcript and protein fasta files.</font></li><li><font face="Calibri,sans-serif">maker_functional_gff - Maps putative functions identified from BLASTP against UniProt/SwissProt to the MAKER produced GFF3 files in the Note attribute</font></li><li><font face="Calibri,sans-serif">ipr_update_gff - Takes InterproScan (iprscan) output and maps domain IDs and GO terms to the Dbxref and Ontology_term attributes in the GFF3 file. This is meta data that shows up when you click on an annotation in JBrowse /GBrowse.</font></li><li><font face="Calibri,sans-serif">iprscan2gff3 - Takes InerproScan (iprscan) output and generates GFF3 features representing domains. Interesting tier for GBrowse. These are visible features tracks that can be seen in JBrowse/GBrowse.</font></li></ul><div><span style="font-family: Calibri, sans-serif;">Thanks,</span></div><div><font face="Calibri,sans-serif">Carson</font></div><div><font face="Calibri,sans-serif"><br></font></div><span id="OLK_SRC_BODY_SECTION" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 14px;"><div style="font-family:Calibri; font-size:11pt; text-align:left; color:black; BORDER-BOTTOM: medium none; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0in; PADDING-LEFT: 0in; PADDING-RIGHT: 0in; BORDER-TOP: #b5c4df 1pt solid; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 3pt"><span style="font-weight:bold">From: </span> Kevin Dorn <<a href="mailto:dorn@umn.edu">dorn@umn.edu</a>><br><span style="font-weight:bold">Date: </span> Sunday, February 9, 2014 at 9:23 PM<br><span style="font-weight:bold">To: </span> <<a href="mailto:carson.holt@utah.edu">carson.holt@utah.edu</a>><br><span style="font-weight:bold">Subject: </span> MAKER presentation at PAG<br></div><div><br></div><div dir="ltr">Hi Carson, <div><br></div><div>I saw your MAKER presentation at PAG this year and have a quick question. I've used MAKER to annotate the plant genome we're working on, and am mostly done. I had to step out for a second during your talk, and when I came back, you were talking about how you can transfer meaningful annotations (getting rid of the 'ugly MAKER names' for genes). Is there an accessory script to do this? </div><div><br></div><div>Thanks, <br>Kevin Dorn </div><div><br></div><div><br></div></div></span></body></html>