<div dir="ltr">Hi Daniel, those have been uploaded and I’m using version 2.28.<div><br></div><div>Walter</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 25 February 2014 18:02, Daniel Ence <span dir="ltr"><<a href="mailto:dence@genetics.utah.edu" target="_blank">dence@genetics.utah.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
Hi Walter, 
<div><br>
</div>
<div>Will you upload the full GFF3 and the control files that you used to this URL?</div>
<div>
<h3 style="text-align:left;color:rgb(102,102,102);font-size:1em;border-style:solid;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;margin:10px;border-width:1px;padding:2px 0px 2px 5px;background-image:inherit">
<font color="blue"><a href="http://weatherby.genetics.utah.edu/cgi-bin/mwas/bug.cgi?guest_id=189" target="_blank">http://weatherby.genetics.utah.edu/cgi-bin/mwas/bug.cgi?guest_id=189</a></font></h3>
<div>Also, what version of MAKER are you running this with?</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks,</div>
<div>Daniel<br>
<div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>On Feb 25, 2014, at 6:36 PM, Walter Eckalbar <<a href="mailto:weckalba@asu.edu" target="_blank">weckalba@asu.edu</a>></div>
<div> wrote:</div>
<br>
<blockquote type="cite"><div><div class="h5">
<div dir="ltr">
<div>
<div>
<div>Hi all,<br>
<br>
I am trying to update maker annotations with PASA and encountered errors stemming from file format issues in the gff3 file.<br>
<br>
</div>
I put a few lines from the gff3 to highlight the issue below.  Basically, the problem is that there are non-unique IDs for a number of the annotations.<br>
<br>
</div>
Is there anything that can be done to right this problem?  <br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
</div>
Walter<br>
<div><br>
Lines from GFF3 file, repeated IDs are highlighted:<br>
<br>
<br>
chr1    maker    gene    9377440    9432028    .    -    .    ID=maker-chr1-pred_gff_maker-gene-4.16;Name=maker-chr1-pred_gff_maker-gene-4.16<br>
chr1    maker    mRNA    9377440    9432028    .    -    .    <span style="background-color:rgb(255,255,0)">
ID=maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-1;</span>Parent=maker-chr1-pred_gff_maker-gene-4.16;Name=maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-1;_AED=0.17;_eAED=0.17;_QI=66|0.88|0.82|1|1|1|28|1680|1234<br>
chr1    maker    exon    9431899    9432028    .    -    .    ID=maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-1:exon:698;Parent=maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-1<br>
chr1    maker    exon    9431698    9431808    .    -    .    ID=maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-1:exon:697;Parent=maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-1<br>
<br>
chr1    maker    gene    8894975    9021577    .    +    .    ID=maker-chr1-snap-gene-4.53;Name=maker-chr1-snap-gene-4.53<br>
chr1    maker    mRNA    8894975    9021577    .    +    .   <span style="background-color:rgb(255,255,0)"> ID=maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-1;</span>Parent=maker-chr1-snap-gene-4.53;Name=maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-1;_AED=0.16;_eAED=0.17;_QI=229|0.73|0.74|1|0.84|0.88|27|503|2007<br>

chr1    maker    exon    8894975    8895153    .    +    .    ID=maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-1:exon:558;Parent=maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-1,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-2,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-3,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-4,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-5,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-6,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-7,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-8,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-9,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-10,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-11<br>

chr1    maker    exon    8942215    8942531    .    +    .    ID=maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-1:exon:559;Parent=maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-1,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-2,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-3,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-4,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-5,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-6,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-7,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-8,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-9,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-10,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-11<br>

</div>
</div></div></div>
_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>

</blockquote></div><br></div>