<div dir="ltr"><div><div><div>Hi all,<br><br>I am trying to update maker annotations with PASA and encountered errors stemming from file format issues in the gff3 file.<br><br></div>I put a few lines from the gff3 to highlight the issue below.  Basically, the problem is that there are non-unique IDs for a number of the annotations.<br>
<br></div>Is there anything that can be done to right this problem?  <br><br>Thanks,<br><br></div>Walter<br><div><div><div><br>Lines from GFF3 file, repeated IDs are highlighted:<br><br><br>chr1    maker    gene    9377440    9432028    .    -    .    ID=maker-chr1-pred_gff_maker-gene-4.16;Name=maker-chr1-pred_gff_maker-gene-4.16<br>
chr1    maker    mRNA    9377440    9432028    .    -    .    <span style="background-color:rgb(255,255,0)">ID=maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-1;</span>Parent=maker-chr1-pred_gff_maker-gene-4.16;Name=maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-1;_AED=0.17;_eAED=0.17;_QI=66|0.88|0.82|1|1|1|28|1680|1234<br>
chr1    maker    exon    9431899    9432028    .    -    .    ID=maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-1:exon:698;Parent=maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-1<br>chr1    maker    exon    9431698    9431808    .    -    .    ID=maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-1:exon:697;Parent=maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-1<br>
<br>chr1    maker    gene    8894975    9021577    .    +    .    ID=maker-chr1-snap-gene-4.53;Name=maker-chr1-snap-gene-4.53<br>chr1    maker    mRNA    8894975    9021577    .    +    .   <span style="background-color:rgb(255,255,0)"> ID=maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-1;</span>Parent=maker-chr1-snap-gene-4.53;Name=maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-1;_AED=0.16;_eAED=0.17;_QI=229|0.73|0.74|1|0.84|0.88|27|503|2007<br>
chr1    maker    exon    8894975    8895153    .    +    .    ID=maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-1:exon:558;Parent=maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-1,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-2,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-3,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-4,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-5,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-6,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-7,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-8,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-9,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-10,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-11<br>
chr1    maker    exon    8942215    8942531    .    +    .    ID=maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-1:exon:559;Parent=maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-1,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-2,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-3,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-4,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-5,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-6,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-7,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-8,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-9,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-10,maker-chr1-snap-gene-4.53-mRNA-11<br>
</div></div></div></div>