<div dir="ltr"><div class="markdown-here-wrapper" id="markdown-here-wrapper-435708" style><p style="margin:1.2em 0px!important">Hi,</p>
<p style="margin:1.2em 0px!important">I’m annotating a genome using a closely related genome from Genbank, using the .frn (RNA) and .faa (protein) files from Genbank as evidence to annotate my genome. I’ve run Maker, and the annotation seems to have worked well. Is it possible to map the names of the genes from the related species to my annotation? I see the <em>map_forward</em> option, which applies to the <em>model_gff</em> parameter. Is there a similar option for <em>est</em> and <em>protein</em>?</p>


<p style="margin:1.2em 0px!important"><em>maker_opts.ctl</em></p>
<pre style="font-size:0.85em;font-family:Consolas,Inconsolata,Courier,monospace;font-size:1em;line-height:1.2em;margin:1.2em 0px"><code style="font-size:0.85em;font-family:Consolas,Inconsolata,Courier,monospace;margin:0px 0.15em;padding:0px 0.3em;white-space:pre-wrap;border:1px solid rgb(234,234,234);background-color:rgb(248,248,248);border-top-left-radius:3px;border-top-right-radius:3px;border-bottom-right-radius:3px;border-bottom-left-radius:3px;display:inline;white-space:pre;overflow:auto;border-top-left-radius:3px;border-top-right-radius:3px;border-bottom-right-radius:3px;border-bottom-left-radius:3px;border:1px solid rgb(204,204,204);padding:0.5em 0.7em;display:block!important;display:block;padding:0.5em;color:rgb(51,51,51);background-color:rgb(248,248,255);background-repeat:initial initial">est=NC_123456.frn
protein=NC_123456.faa
est2genome=1
protein2genome=1
</code></pre><p style="margin:1.2em 0px!important">Thanks,<br>Shaun</p>
</div></div>