<div dir="ltr">I will try it today. Thanks for the quick reply!<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Mar 14, 2014 at 10:32 AM, Daniel Ence <span dir="ltr"><<a href="mailto:dence@genetics.utah.edu" target="_blank">dence@genetics.utah.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div>
<div style="direction:ltr;font-size:10pt;font-family:Tahoma">Hi Janna, So do you have one strain that you want to use as the reference for all the others? There's a script that comes with MAKER called maker_map_ids that lets you use a common
 prefix or suffix for entries in a fasta file from one strain and then use est_forward to use that ID in the gene models for the other species. 
<div><br>
</div>
<div>Let me know if that's not what you're looking for, </div>
<div>Daniel</div>
<div>
<div><br>
<div><font>
<div>Daniel Ence<br>
Graduate Student<br>
Eccles Institute of Human Genetics<br>
University of Utah<br>
15 North 2030 East, Room 2100<br>
Salt Lake City, UT 84112-5330</div>
</font></div>
</div>
<div style="font-size:16px;font-family:Times New Roman">
<hr>
<div style="direction:ltr"><font color="#000000" face="Tahoma"><b>From:</b> maker-devel [<a href="mailto:maker-devel-bounces@yandell-lab.org" target="_blank">maker-devel-bounces@yandell-lab.org</a>] on behalf of Janna Fierst [<a href="mailto:jfierst@uoregon.edu" target="_blank">jfierst@uoregon.edu</a>]<br>

<b>Sent:</b> Friday, March 14, 2014 10:06 AM<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:maker-devel@yandell-lab.org" target="_blank">maker-devel@yandell-lab.org</a><br>
<b>Subject:</b> [maker-devel] associating gene names between related strains<br>
</font><br>
</div><div class="">
<div></div>
<div>
<div dir="ltr">Hi,<br>
<br>
we are assembling and annotating genomes for several related strains of Caenorhabditis worms and I was wondering if there is a way to coordinate the gene naming so that orthologs between species can be associated by name. I have been playing around a little
 with the est_forward option but can't figure out a good system/workflow that preserves names but still uses the strain-specific RNA-Seq EST set for the actual gene models. Thanks! -Janna<br>
</div>
</div>
</div></div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br></div>