<div dir="ltr">Hi -<div><br></div><div>I'm running maker on a dataset of >400,000 scaffolds with MPI -n 64. I've gone through it once - and used the clean_up option because otherwise maker exceeds the clusters file_quote. However, now I'm retraining SNAP and it is taking a very long time - probably because it has to go through BLAST again. Is there anyway of getting around this? I expect I may have to train SNAP and rerun maker multiple times and it is taking about 3 weeks to get through my dataset. Is there a way to prune down my original dataset based on maker's output?</div>
<div><br></div><div>Thanks,</div><div>Rebecca</div></div>