<div dir="ltr"><div><div><div>Hello,<br><br></div>I'm installing/using maker2 for the first time and I have an error by using it.<br><br></div>I certainly missing something, but I don't know what.<br><br></div>I compile maker with no error message and I have all these directories after compilation: <br>
<div><div><div><div>bin  data  GMOD  INSTALL  lib  LICENSE  MWAS  perl  README  src<br><br></div><div>Nevertheless when I try maker2 on the test data (dpp_contig.fasta) I have this error:<br><br></div><div>STATUS: Now running MAKER...<br>
examining contents of the fasta file and run log<br><br><br><br>--Next Contig--<br><br>#---------------------------------------------------------------------<br>Now starting the contig!!<br>SeqID: contig-dpp-500-500<br>Length: 32156<br>
#---------------------------------------------------------------------<br><br><br>setting up GFF3 output and fasta chunks<br>doing repeat masking<br>DBI connect('dbname=/path/to/dpp_contig.maker.output/dpp_contig.db','',...) failed: unable to open database file at /usr/local/annotation/maker2.31/bin/../lib/GFFDB.pm<br>
<br>Can't call method "do" on an undefined value at /usr/local/annotation/maker2.31/bin/../lib/GFFDB.pm <br>--> rank=NA, hostname=belem<br>ERROR: Failed while doing repeat masking<br>ERROR: Chunk failed at level:0, tier_type:1<br>
FAILED CONTIG:contig-dpp-500-500<br>...<br><br></div><div>ideas?<br></div><div><br></div><div>Best,<br><br></div><div>Christelle<br></div><div><br></div></div></div></div></div>